Seit einem Großteil des letzten Jahrzehnts wird die Sojabohne als eine Art „Superfood“ gepriesen, das Krebs und Herzkrankheiten vorbeugen, den Cholesterinspiegel senken und Wechseljahresbeschwerden lindern könnte. Die American Heart Association empfahl offiziell Soja-Protein im Jahr 2000 als Teil einer gesunden fettarmen Ernährung. Bei näherer Betrachtung hinterfragen jedoch viele Experten diese Behauptungen und äußern Bedenken hinsichtlich möglicher negativer Auswirkungen des Sojakonsums. Besonders besorgniserregend sind die östrogenähnlichen Phytochemikalien, sogenannte „Isoflavone“, die in Sojabohnen vorkommen, und die potenziellen Nebenwirkungen des Konsums von Isoflavonen in großen Mengen durch Männer.
Der Konsum von Sojabohnen-Isoflavonen kann laut Kaayla T. Daniel, einer klinischen Ernährungswissenschaftlerin und Autorin von „The Whole Soy Story: The Dark Side of America's Favorite Health Food“, zu niedrigeren Testosteronspiegeln und höheren Östrogenspiegeln bei Männern führen. Daniel zitiert eine Studie des leitenden Forschers Dr. Steven Zeisel von der University of North Carolina, Chapel Hill, bei der männlichen Patienten 300- bis 600-mg-Dosen von Sojabohnen-Isoflavon verabreicht wurden. Einige der von den Probanden erlebten Symptome umfassten Brustvergrößerung, Brustwarzenausfluss und einen Rückgang des Testosteronspiegels. Da die den Versuchspersonen verabreichte Dosis jedoch etwa 30-mal so hoch war wie in einer normalen Ernährung konsumiert würde, sagte Dr. Zeisel, es bestehe für Männer kein Grund, Soja-Produkte zu meiden. Nicht jeder stimmt dieser Schlussfolgerung zu. Im Juli 2005 gab das israelische Gesundheitsministerium eine Warnung an Erwachsene bezüglich des Sojakonsums aufgrund von Fruchtbarkeitsbedenken heraus.
Einige Forscher spekulieren, dass Soja bei der Vorbeugung oder Verlangsamung von Prostatakrebs von Nutzen sein könnte. Omar Kucuk vom Barbara Ann Karmanos Cancer Institute der Wayne State University in Detroit verweist auf die Tatsache, dass Männer in den USA viel häufiger an Prostatakrebs sterben als chinesische und japanische Männer, die regelmäßig Soja in ihre Ernährung einbeziehen. Kucuk führte eine Studie durch, bei der er Männern mit Prostatakrebs über sechs Monate täglich 200 mg Sojabohnen-Isoflavon-Pillen verabreichte und feststellte, dass sich der Krebs der Patienten langsamer oder gar nicht ausbreitete. Die Studienprobe war jedoch recht klein, und die Ergebnisse wurden nicht mit einem Placebo verglichen. Andere Studien an gesunden Männern haben laut Mark Messina, einem Soja-Experten der Loma Linda University in Kalifornien, keine vorbeugenden Vorteile bei Prostatakrebs gezeigt. Messina sagt auch, dass andere Studien an Prostatakrebspatienten gemischte Ergebnisse hatten. Kucuk erklärt, dass „alle Beweise, die wir haben, vorläufig sind“, und dass er „noch keine Empfehlungen zum Verzehr von Sojalebensmitteln oder -präparaten zur Vermeidung von Prostatakrebs abgeben kann.“
„Es sollte Vorsicht geboten sein, Männern große Mengen an Isoflavonen zu empfehlen“, sagt Pauline Maki von der University of Illinois at Chicago. Makis Bedenken rühren von einer Beobachtungsstudie her, die zeigt, dass mittelalte hawaiianische Männer, die große Mengen Tofu konsumieren, im Alter häufiger kognitive Beeinträchtigungen und Hirnatrophie erleiden. Jay Kaplan von der Abteilung für Vergleichende Medizin der Wake Forest University in Winston-Salem, NC, führte eine Studie durch, bei der die Forscher 44 erwachsene männliche Affen über 15 Monate mit einer Soja-Isoflavon-reichen Ernährung fütterten und der Hälfte der Affen das menschliche Äquivalent von 60 Milligramm verabreichten, was der Menge in zwei Portionen Sojamilch entspricht. Die andere Hälfte erhielt das Äquivalent von 129 Milligramm. Kaplan stellte fest, dass die Affen, die die meisten Sojabohnen-Isoflavone konsumierten, aggressiver wurden und asoziales Verhalten zeigten, während diejenigen, die die geringere Menge konsumierten, keine schädlichen Auswirkungen erlitten. Kaplan schließt daraus, dass „der Konsum großer Mengen an Isoflavonen, insbesondere in Nahrungsergänzungsmittelform, Auswirkungen haben könnte, die wir noch nicht kennen und die ebenso leicht schädlich wie vorteilhaft sein könnten.“

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