Die meisten Lebensmittelpyramiden betonen den Verzehr von Kohlenhydraten, aber die zunehmende Fettleibigkeit in den USA spornte einige Ernährungsexperten an zu untersuchen, ob neue Pyramiden entwickelt werden mussten. 2004 enthüllte der Bestsellerautor Dr. Robert Atkins die Atkins-Pyramide. Sie ist zur Standardnahrungsmittelpyramide für Ernährungswissenschaftler geworden, die glauben, dass Menschen mehr Eiweiß und weniger Kohlenhydrate zu sich nehmen sollten.
Die Atkins-Pyramide basiert auf der Theorie, dass menschliches Körperfett durch Lebensmittel verursacht wird, die den Blutzucker eines Körpers erhöhen. „Fett verursacht praktisch keine Erhöhung des Blutzuckers und Protein sehr wenig“, so Dr. Atkins‘ „New Diet Revolution“. Kohlenhydrate erhöhen den Blutzuckerspiegel und das Körperfett, schrieb Atkins. Die in „Atkins Diabetes Revolution“ im Jahr 2004 vorgestellte Atkins-Pyramide empfahl, viele proteinreiche Lebensmittel und wenige kohlenhydratreiche Lebensmittel zu sich zu nehmen.
Der größte Teil von Atkins‘ Fünfteil-Pyramide, der untere Bereich, repräsentiert Lebensmittel, die am meisten gegessen werden sollten. Es werden „Proteine wie Geflügel, Fisch, Rindfleisch, Schweinefleisch und Sojaprodukte“ empfohlen. Atkins befürwortet, dass Kalorien aus Eiweiß 25 bis 30 Prozent der Kalorien in der Ernährung ausmachen. Das US-Landwirtschaftsministerium, der Schöpfer der am häufigsten akzeptierten Lebensmittelpyramide, empfiehlt, dass Protein 18 Prozent der Ernährung ausmacht.
Atkins schrieb, dass Protein der größte Teil seiner Pyramide ist, weil es hilft, das Gewicht besser zu kontrollieren als Kohlenhydrate. Laut Atkins fühlt man sich durch Eiweiß satter als durch Kohlenhydrate, verbrennt Kalorien schneller, speichert weniger Fett aufgrund der geringeren Wirkung auf Insulin und hat einen größeren Einfluss auf die Fettfreisetzung, da es den Glukagonspiegel stärker erhöht.
Der zweitgrößte Teil der proteinreichen Lebensmittelpyramide von Atkins ist Gemüse vorbehalten. Die Pyramide rät zum Verzehr von kohlenhydratarmem Gemüse mit Nährstoffen wie Beta-Carotin, Lycopin und Lutein. Diese Gemüse sind in der Regel proteinreiche Lebensmittel. Die Pyramide empfiehlt ausdrücklich, mehr Salat, Brokkoli, Blumenkohl, Spargel und Spinat zu essen. Atkins empfiehlt auch Knoblauch, Grünkohl, Zwiebeln und Paprika.
Der drittgrößte Teil der proteinreichen Pyramide von Atkins fordert den Verzehr von Früchten wie Blaubeeren, Himbeeren, Birnen und Avocados. Diese Früchte sind sehr kohlenhydratarm und reich an Nährstoffen. Der zweitkleinste Teil der fünfteiligen Pyramide fordert den Verzehr von Nüssen, Hülsenfrüchten, Käse, anderen Milchprodukten und Ölen. Auch in diesem Bereich setzt sich Atkins für eiweißreiche Lebensmittel wie Mandeln, Haselnüsse, Pekannüsse und Walnüsse ein.
Getreide ist der kleinste Teil der Atkins-Pyramide. Die USDA-Pyramide zeigt hingegen, dass Getreide die Lebensmittel sind, die am meisten gegessen werden sollten. Gemüse ist der zweitgrößte Teil der USDA-Pyramide, gefolgt von Obst, Milchprodukten, Fleisch und Bohnen sowie Ölen. Der hohe Proteingehalt von Fleisch und Bohnen macht die USDA-Pyramide zu einer proteinarmen Pyramide. Atkins schrieb, die USDA-Pyramide habe „direkt zu den Zwillingsepidemien von Fettleibigkeit und Diabetes beigetragen, mit denen wir jetzt in diesem Land konfrontiert sind.“

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