Im Gehirn wird vermutet, dass Kalzium sowohl für die Gesundheit als auch für Krankheiten eine besondere Rolle spielt. In normalen Mengen löst Kalzium offensichtlich Signalwege aus, die für bestimmte Arten des Gedächtnisses essentiell sind. Im Überschuss wird vermutet, dass Kalzium Hirnschäden verursacht. Calcium ist ein intrazellulärer Botenstoff, der viele Zellfunktionen aktivieren kann. Ohne Kalzium hätte das Nervensystem keine Leistung.
Die Huntington-Krankheit ist durch vier Merkmale gekennzeichnet: Erblichkeit, Verhaltens- oder psychiatrische Störung, kognitive Beeinträchtigung und Tod – 15 oder 20 Jahre nach Beginn. Die Krankheit wird durch den weitverbreiteten Verlust von Neuronen im Gehirn verursacht. Der Mechanismus des Zelltods tritt hauptsächlich durch die anhaltende Wirkung von Glutamat auf die N-Methyl-D-Aspartat- oder NMDA-Art der Glutamatrezeptoren und den übermäßigen Zufluss von Calcium auf. Überschüssiges Kalzium hat mehrere schädliche Folgen, die zu Zytotoxizität und zum Tod führen.
Hirnschäden durch wiederholte Anfälle können mit dem bevorzugten Verlust von Neuronen in der Hippocampusregion des Gehirns auftreten. Die Freisetzung des exzitatorischen Aminosäuresenders L-Glutamat führt zu einer Überaktivierung der Glutamatrezeptoren. Dies führt zu einem übermäßigen Anstieg des intrazellulären Calciums, das viele calciumabhängige Enzyme wie Calcenurin, Calpains und Lipasen aktiviert.
Dyskinesien sind durch eine übermäßige motorische Aktivität gekennzeichnet, deren Symptome unwillkürliche Bewegungen wie Zittern und Winden sind. Die unwillkürlichen Bewegungen resultieren aus der Ablagerung von überschüssigem Kalzium in den Basalganglien- und Kleinhirnregionen des Gehirns.

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