Die speziellen Chemikalien, die die Nahrung im Magen in flüssige Form zerlegen, werden Magensäfte genannt. Magensäfte werden von den Drüsen in der Magenschleimhaut produziert und enthalten Salzsäure, Pepsin und Schleim. Salzsäure tötet Bakterien ab und schafft ein saures Milieu, das Pepsin aktiviert. Pepsin ist ein Enzym, das Proteine in kleinere Peptide zerlegt. Schleim schützt die Magenschleimhaut vor dem sauren Milieu.
