Da Probiotika im Darmtrakt leben und mit anderen „unfreundlichen“ Bakterien um die Dominanz konkurrieren, werden viele Probiotika-Produkte zur Bekämpfung von Darmerkrankungen wie Durchfall eingesetzt. Eine im Oktober 2008 von Yvan Vandenplas im Journal „Clinical Microbiology and Infection“ veröffentlichte Übersicht ergab, dass Saccharomyces boulardii Durchfall auf drei spezifische Weisen bekämpft. Es wirkt nicht nur anti-sekretorisch auf den Durchfall selbst, sondern hemmt auch die Bindung von Toxinen an die Darmwände und regt die eigene Enzymproduktion und das Abwehrsystem des Körpers an.
Colitis ist durch eine Entzündung des Dickdarms gekennzeichnet und führt häufig zu Bauchschmerzen, Verstopfung und/oder Durchfall sowie anderen Verdauungsproblemen. Eine im Januar 1999 von Ignazio Castagliuolo et al. im Journal „Infection and Immunity“ veröffentlichte Studie ergab, dass die Behandlung von Ratten mit antibiotisch induzierter Colitis mittels Saccharomyces boulardii zu weniger Entzündungszeichen und Verdauungsbeschwerden führte. Antibiotisch induzierte Colitis tritt auf, wenn eine Antibiotikatherapie die natürlichen „freundlichen“ Bakterien im Dickdarm zerstört und invasive Bakterien die Oberhand gewinnen.
Als lebender Bakterienstamm ist Saccharomyces boulardii wirksam bei der Bekämpfung anderer Bakterien, die der menschlichen Gesundheit schaden. In einer im Februar 2003 von Stephanie Dahan et al. im „Journal of Infection and Immunity“ veröffentlichten Studie stellten Forscher fest, dass Saccharomyces boulardii das Wachstum der E. coli-Bakterien hemmte, die für weit verbreitete menschliche Erkrankungen durch verunreinigte Lebensmittelprodukte verantwortlich sind.
Die natürlichen Probiotika unseres Verdauungssystems sind wichtige Bestandteile unseres eigenen Abwehrmechanismus gegen pathogene Erkrankungen. Eine im Februar 1990 von JP BLuts et al. am Labor für Pädiatrische Gastroenterologie und Ernährung der Universität Löwen in Brüssel, Belgien, durchgeführte Studie ergab, dass die Verabreichung von Saccharomyces boulardii an Ratten zu einer vermehrten Sekretion von Immunglobulinen durch das Verdauungssystem führte. Immunglobuline sind natürliche Antikörper, die vom Immunsystem verwendet werden, um Bakterien und Viren zu immobilisieren und zu zerstören.

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