Schwarzer Schimmelpilz – die Art Stachybotrys chartarum oder Stachybotrys atra – wurde für Gesundheitsprobleme verantwortlich gemacht, die von Lungenblutungen bei Säuglingen bis zu neurologischen Effekten reichen. Wie jeder Schimmelpilz können laut der Environmental Protection Agency die Sporen des schwarzen Schimmels bei empfindlichen Personen Allergien auslösen. Zu den Anzeichen einer Schimmelpilzallergie zählen eine laufende Nase, Niesen, Keuchen, Husten und Verstopfung.
Bei Personen mit Asthma kann ein schwarzer Schimmelpilz einen Anfall auslösen. Menschen mit anderen Atemwegserkrankungen wie chronisch obstruktiver Lungenerkrankung oder Lungenemphysem können eine Zunahme der Symptome während der Exposition gegenüber Schwarzschimmel feststellen. Nach Angaben der Zentren für die Kontrolle und Prävention von Krankheiten wurde in einer Studie des Instituts für Medizin aus dem Jahr 2004 ein Zusammenhang zwischen der Schimmelpilzexposition in Innenräumen und Erkrankungen der oberen Atemwege festgestellt.
Die Cleveland Clinic gibt an, dass Babys, die in einem Haus mit schwarzem Schimmel leben, möglicherweise häufiger an einem plötzlichen Kindstod (SIDS) sterben. Eine Erkrankung bei Säuglingen, die als akute idiopathische Lungenblutung bezeichnet wird, ist laut Berlin D. Nelson, Professor für Pflanzenpathologie an der Universität von North Dakota, auch mit dem Einatmen von schwarzen Schimmelpilzsporen verbunden. Einige Personen berichten, dass die Exposition gegenüber Schwarzschimmel neurologische Symptome wie Gedächtnisverlust, Stimmungsschwankungen, Angstzustände und Lethargie verursacht.

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