Die korrekte Dosierung von Probiotika-Nahrungsergänzungsmitteln variiert je nach Bedarf und der zu behandelnden Erkrankung. Eine typische Dosis zur Behandlung von Durchfall liegt bei 1 bis 2 Milliarden koloniebildenden Einheiten (KBE) pro Tag, obwohl einige Ärzte bis zu 15 Milliarden KBE pro Tag verschreiben können. Für die allgemeine Erhaltung der Darmgesundheit kann eine typische Dosis zwischen 1 und 15 Milliarden KBE pro Tag liegen.
Probiotika gelten im Allgemeinen als sicher. Bei bestimmten Personen können jedoch Komplikationen auftreten. Insbesondere bei einem geschwächten Immunsystem, Darmschäden, einer künstlichen Herzklappe oder einem Überwachsen von Darmbakterien können Probiotika unsicher sein. Zudem können sie mit einigen Medikamenten interagieren.
Da in bestimmten natürlichen Lebensmitteln wie Joghurt reichlich Probiotika vorhanden sind, sind Dosierungen im Allgemeinen kein großes Problem. Dennoch sollte nur der Arzt über die richtige Dosis beraten und mögliche Wechselwirkungen mit anderen Medikamenten überprüfen.

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