Protein-Shakes können aufgrund unvollständiger Verdauung Symptome von Magen-Darm-Beschwerden einschließlich Blähungen und Durchfall hervorrufen. Dies kann teilweise darauf zurückzuführen sein, dass die meisten Proteinpulverzusätze Substanzen enthalten, die aus Milch isoliert wurden. Personen mit Laktoseintoleranz sind möglicherweise anfällig für unerwünschte Nebenwirkungen.
Der bekannteste Stamm Lactobacillus wird zur Herstellung fermentierter Lebensmittel wie Joghurt und Kefir sowie gereiftem Käse verwendet. Im Darm ernähren sich Lactobacillus-Bakterien von Nährstoffen und Ballaststoffen und produzieren Milchsäure, Verdauungsenzyme und andere Substanzen, die die Verdauung fördern. Übliche Stämme sind L. acidophilus, L. reuteri, L. rhamnosus, L. casei, L. bulgaricus und L. plantarum.
Saccharomyces-Stämme sind eine Form von Hefe, die dennoch als Probiotika gelten. Sie finden sich in kommerziellen Probiotika wie Florastor. Eine weitere wichtige Rolle von Probiotika im Darm besteht darin, schädliche Hefen auszumerzen, die um die Vorherrschaft konkurrieren. Krankheitserreger wie Candida können Hefeinfektionen, Entzündungen und Verdauungsbeschwerden verursachen.

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