Leichte bakterielle Follikulitis lässt sich oft mit topischen Salben wie Bacitracin behandeln. Ärzte verschreiben zudem antiseptische Reinigungsmittel wie Povidon-Iod oder Chlorhexidin. Bei schweren Infektionen kommen Antibiotika-Tabletten wie Cephalexin, Ofloxacin oder Dicloxacillin infrage. Manche Infektionen, etwa Pseudomonas-Follikulitis, benötigen keine Tabletten, es sei denn, die Infektion verschlimmert sich.
Die meisten Pilz-Follikulitis-Fälle, beispielsweise Pityrosporum-Follikulitis, werden mit verschreibungspflichtigen Arzneimitteln wie Fluconazol oder Terbinafin behandelt. Ein Eisbeutel oder ein verschreibungspflichtiges Kortikosteroid kann die Entzündung lindern.
Bei Infektionen am Kopf oder der Kopfhaut empfehlen Ärzte Shampoos mit Propylenglykol oder geringen Anteilen an Selsun sulfid und Selen. Oberflächliche Infektionen können durch regelmäßiges Händewaschen mit antibakteriellen Seifen eingedämmt werden. Mindestens 15 Sekunden Waschen und gründliches Trocknen schützen vor Wundinfektionen.
Hartnäckige Infektionen, die nicht mehr auf Antibiotika ansprechen, können eine Laserbehandlung erfordern, um Haarfollikel zu beseitigen und Narbenbildung zu stoppen. UV-B-Phototherapie ist eine Option bei eosinophiler Pustelfollikulitis, kann jedoch Follikulitis auslösen, wenn Kohlenteer vor der Behandlung aufgetragen wird. Bei wiederkehrender Staphylokokken-Follikulitis kann eine Mupirocin-Salbe in die Nase helfen, die Bakterienpopulation zu verringern.

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