Pepsin, das Enzym, das die Proteinverdauung einleitet, wird von den Hauptzellen der Magenschleimhaut im Fundus und Korpus des Magens als inaktives Pepsinogen abgesondert. Magensäure (pH <4) aktiviert es zu Pepsin, das dann Proteine im Magenspalt spaltet.
Kritisch ist, dass Pepsin nicht im Dünn- oder Dickdarm vorkommt. Sobald der Chymus den Duodenum erreicht, übernehmen Pankreasproteasen (Trypsin, Chymotrypsin) und Bürstenrand-Peptidasen. Pepsin wird bei dem höheren pH-Wert (>6) der Darmumgebung inaktiviert.

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