Die in unserem Magen freigesetzte Säure ist Salzsäure (HCl), dieselbe starke Säure, die in Chemielaboren vorsichtig behandelt wird. Wenn Nahrung aufgenommen wird, wird HCl von den Parietalzellen des Magens in einer sehr hohen Konzentration (pH-Wert von etwa 0,8) abgesondert. Es mischt sich dann mit Enzymen, Salzen und Wasser in unserem Magen, um die Magensäure zu bilden, die unsere Nahrung verdaut. Diese Verdünnung ergibt einen endgültigen Magen-pH-Wert zwischen 1,5 und 3,0.
Eine beträchtliche Menge Magensaft wird im Magen freigesetzt, noch bevor die Nahrung ankommt. Die Vagusnerven sind für dieses Phänomen verantwortlich. Sobald diese Nerven durch den Geschmack oder Geruch von Nahrung stimuliert werden, signalisieren sie den Parietalzellen, Magensäure freizusetzen.
Die Verdauung von Protein im Magen benötigt eine saure Umgebung für die Bildung von Pepsin (ein Enzym) aus seinem Vorläufer namens Pepsinogen. Säure tötet einige der schädlichen Keime, die in unserer Nahrung vorhanden sein können, und ist auch für die Aufnahme essentieller Mineralien (Kalzium und Eisen) erforderlich.
Wenn Salzsäure Hautverbrennungen verursachen kann, warum verursacht sie dann keine Schäden an unserem Magen? Weil der menschliche Körper einen Schutzmechanismus eingesetzt hat: eine Schleimhautschicht, die Schleim absondert und jeden Kontakt von HCl mit den darunterliegenden Magenzellen verhindert. Allerdings können Teile der Schleimhautschicht des Magens durch bakterielle Infektion, Missbrauch nichtsteroidaler entzündungshemmender Medikamente oder andere Gründe beschädigt werden. Diese Exposition der Magenschleimhaut gegenüber Salzsäure führt zu einem Magengeschwür.
Wenn die im Magen abgesonderte Säure aufgrund einer Entspannung des Speiseröhrenschließmuskels in die Speiseröhre gelangt, wird der Zustand als „Sodbrennen“ bezeichnet. Antazida werden manchmal verschrieben, um Magensäure zu neutralisieren und den pH-Wert des Magensafts zu erhöhen. Wenn das Problem chronisch wird und sich in eine gastroösophageale Refluxkrankheit (GERD) verwandelt, können Protonenpumpenhemmer, die vorübergehend die Säureproduktion blockieren, Teil der Behandlung werden.
Während Proteine im Magen in einer sauren Umgebung abgebaut werden, wird im Dünndarm eine alkalische Umgebung benötigt, um Kohlenhydrate zu verdauen. Dementsprechend wird die Säure, die mit halbverdauter Nahrung in den Dünndarm gelangt, letztendlich mit einem alkalischen Saft neutralisiert, der von der Bauchspeicheldrüse abgesondert wird.

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