Bestimmte Medikamente können die Quantität und Qualität der Spermien beeinträchtigen. Dazu gehören unter anderem Antibiotika wie Nitrofurantoin, Erythromycin, Cyclosporin, Gentamycin und Tetracyclin. Auch Cimetidin (Markenname Tagamet) sowie das Antiepileptikum Dilantin können die männliche Fertilität senken. Herzmedikamente, insbesondere Antihypertensiva, stehen ebenfalls im Verdacht, Probleme mit der Spermienqualität zu verursachen.
Anabole Steroide, insbesondere Testosteron, greifen in das negative Rückkopplungssystem zwischen Hoden und Gehirn ein. Hohe Konzentrationen unterbrechen das Signal des Gehirns, mehr Testosteron zu produzieren. Eine Chemotherapie kann die Spermienproduktion vollständig stoppen. Daher wird Männern vor einer Chemotherapie oft empfohlen, Samen einzufrieren. Viele Krebsoverlebende erholen sich nach einigen Monaten, doch die Spermienzahl kann niedrig bleiben. Aufgrund möglicher genetischer Veränderungen wird geraten, nach Abschluss der Chemotherapie mindestens zwei Jahre zu warten, bevor ein Kind gezeugt wird.
Alkohol, Tabak und übermäßiger Koffeinkonsum können zu Unfruchtbarkeit bei Männern führen. Straßendrogen wie Marihuana, Heroin und Methadon mindern ebenfalls die Spermienmenge oder -qualität und beeinträchtigen die Fruchtbarkeit.
Viele Arzneimittel können erektile Dysfunktion auslösen. Blutdrucksenker wie Clonidin, Thiazide, Spironolacton und Betablocker gehören dazu. Auch Medikamente, die das Zentralnervensystem beeinflussen – etwa MAO-Hemmer, selektive Serotonin-Wiederaufnahmehemmer, Trizyklika, Anxiolytika, Alkohol, Opioide und Kokain – können Erektionsstörungen verursachen. Weitere Auslöser sind Anticholinergika, Östrogene, Chemotherapeutika, Amphetamine, Antiandrogene sowie Präparate, die das Gonadotropin-freisetzende Hormon imitieren.
Hypogonadismus bedeutet eine Unterproduktion männlicher Hormone, hauptsächlich Testosteron, durch die Hoden. Normale Testosteronspiegel sind für die fetale Entwicklung des männlichen Fortpflanzungssystems, die Pubertät sowie die Aufrechterhaltung der Spermienproduktion und sexuellen Funktion unerlässlich. Chemotherapeutika, Opiate und einige Hormone können Hypogonadismus verursachen. Anabole Steroide zum Muskelaufbau haben den gegenteiligen Effekt: Die Hoden schrumpfen und die Hormonproduktion bricht ein.
Medikamente, die eine schwangere Frau einnimmt, können die Entwicklung des männlichen Fortpflanzungssystems im Mutterleib beeinträchtigen. Frauen, die zwischen Ende der 1940er und Anfang der 1970er Jahre das synthetische Östrogen DES zur Verhinderung von Fehlgeburten einnahmen, hatten mit größerer Wahrscheinlichkeit Söhne mit Fehlbildungen des Fortpflanzungstrakts und verminderter Samenqualität. Die Verwendung von DES bei schwangeren Frauen wurde verboten.

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