Kaffeebohnen enthalten zahlreiche Säuren, doch das fertige Getränk ist weniger sauer als Limonade. Auf der pH-Skala, bei der Null stark sauer und Sieben neutral liegt, bewegen sich Kaffeewerte zwischen 4,5 und 6 – Soda kommt dagegen auf etwa 2 bis 3.
Laut CoffeeResearch.org sind mehr als 30 verschiedene Säuretypen im Kaffee nachweisbar. Einige davon sind auch aus anderen Lebensmitteln bekannt, zum Beispiel Zitronensäure und Apfelsäure in Obst und Gemüse sowie Essigsäure und Milchsäure in fermentierten Produkten wie Joghurt. Viele dieser Säuren tragen komplexe chemische Bezeichnungen, darunter die als Chlorogensäure bekannte Gruppe.
Chlorogensäure ist ein Antioxidans, das möglicherweise gesundheitsfördernd wirkt. Eine Übersicht aus dem August 2013 der Zeitschrift „Evidence Based Complementary and Alternative Medicine“ deutet an, dass sie den Glukosestoffwechsel beeinflussen und so das Diabetesrisiko senken kann. Zudem kann sie beim Gewichtsverlust helfen. Während des Röstens geht ein Teil der Chlorogensäure verloren, dennoch bleiben pro Tasse je nach Kaffeesorte noch 20 bis 675 Milligramm übrig.
Die Säuremenge im Kaffee lässt sich durch Mahlgrad und Brühzeit steuern. Grob gemahlene Bohnen enthalten weniger Säuren, besonders bei Chlorogensäuren ist der Unterschied spürbar. Mit einer extra feinen Mahlung erhält man bis zu dreimal mehr Chlorogensäure. Die meisten Säuren nehmen mit zunehmender Brühdauer von einer auf fünf Minuten zu, sinken aber wieder, wenn der Kaffee 14 Minuten aufgebrüht wird. Dunkle Röstungen schmecken kräftiger, enthalten aber weniger Säure.
Arabica-Bohnen enthalten doppelt so viel Zucker, die Hälfte des Koffeins und etwa zwei Prozent weniger Chlorogensäure als Robusta-Bohnen. Trotz des geringeren Säuregehalts wirkt Arabica durch den beim Rösten abgebauten Zucker säuerlicher. Entkoffeinierter Arabica-Kaffee enthält laut dem „Journal of Agricultural and Food Chemistry“ (Januar 2006) drei bis neun Prozent weniger Chlorogensäure als normaler Kaffee.

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