In seiner somatischen-Marker-Hypothese untersuchte Damasio Menschen mit geschädigten Limbiksystemen. Das Limbiksystem oder der präfrontale Kortex des Gehirns ist die Quelle von Emotionen und das, was somatische Marker-Feedback interpretiert. Obwohl Menschen mit geschädigten Limbiksystemen in Intelligenz und Sprache gut abschnitten, machten sie wiederholt Urteilsfehler und verhielten sich in sozialen Situationen unangemessen. Dies, so Damasio, zeigte die Unfähigkeit des beeinträchtigten emotionalen Geistes, somatische Marker zu nutzen, und bewies seine Theorie, dass rationales Denken und Emotionen intrinsisch miteinander verbunden sind.
Menschen ohne Schäden an ihrem Limbiksystem haben das, was als normale oder Bauchgefühl-Reaktionen auf Situationen angesehen wird. Wenn ein Hund eine Person beißt, wird diese Person sich an den Schmerz erinnern, der mit dem Biss verbunden ist. Wenn diese Person wieder einen Hund sieht, löst die Erinnerung an den Schmerz, bevor sie auch nur darüber nachdenken kann, einen somatischen Marker aus, und eine automatische Angst vor Hunden wird auftauchen. Je öfter das Subjekt einen Hund sieht, desto stärker wird der automatische Auslöser des somatischen Markers, der Angst verursacht. Wie Damasio sagte, wenn ein „negativer somatischer Marker mit einem bestimmten zukünftigen Ergebnis verknüpft ist, wird er zu einer Alarmglocke.“
Personen mit Schäden am emotionalen Zentrum ihres Gehirns haben oft Probleme mit dem Urteilsvermögen und der Kontrolle sozialen Verhaltens. Weil somatische Marker nicht ausgelöst werden, wenn eine solche Person auf positive oder negative Emotionen trifft, können sie nicht angemessen reagieren, da sie sich nicht an die negativen Auswirkungen einer früheren Gelegenheit erinnern. Zum Beispiel, wenn jemand mit einem geschädigten Limbiksystem auswärts essen gehen möchte, könnte diese Person sich nicht an das Ergebnis von Erfahrungen in bestimmten Restaurants erinnern, sich daran erinnern, wo das gewünschte Essen zu finden ist, oder sogar entscheiden, welches Essen sie möchte, wodurch eine rationale Entscheidung, wo gegessen werden soll, fast unmöglich wird. Damasios Theorie hier ist, dass die Fähigkeit, somatische Marker zu aktivieren, wenn gewöhnliche Entscheidungen anstehen, die Unfähigkeit markiert, zwischen guten und schlechten Entscheidungen zu entscheiden.
Somatische Marker lösen automatische Reaktionen auf Situationen aus, die jemanden dazu führen, eine negative Reaktion abzulehnen und eine positive Handlung zu verfolgen. Damasio bewies, dass wenn der Teil des Gehirns, der somatische Marker auslöst, beschädigt ist, bestimmte Aspekte des Urteilsvermögens dieser Person fehlerhaft sein werden. Daher, so sagte er, zeigt dies eine untrennbare Verbindung zwischen Emotionen und rationalem Denken.

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