Gemeldete Fälle sind in der Regel mild, aber Fischöle können laut einer Analyse des NYU Langone Medical Center einen aufgeregten Magen oder Übelkeit verursachen. Weicher Stuhl ist eine weitere Magen-Darm-Nebenwirkung, die von Menschen mit empfindlicheren Mägen erlebt wird.
Teilnehmer sowohl der Kontrollgruppe als auch der Placebogruppe einer klinischen Studie, die 2002 im European Respiratory Journal veröffentlicht wurde, beklagten sich über einen metallischen Geschmack im Mund. Dies stimmt mit anderen Ergebnissen überein, die bestätigen, dass Fischöl tatsächlich nach Fischöl schmeckt.
Menschen mit Schalentierallergien können Fischöl-Präparate einnehmen, sollten Omega XL jedoch aufgrund des Perna-canaliculus-Öls meiden. Es ist ebenfalls eine Omega-3-Fettsäure, wird jedoch aus der neuseeländischen Grünlippenmuschel gewonnen.

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