Einführung
Die sequenzielle Chromatin-Immunpräzipitation, bekannt als SeqChIP, ist ein biologischer Test, der dazu dient, die Weisen zu definieren, in denen zwei Proteine innerhalb einer Region einer Desoxyribonukleinsäure (DNA)-Strang interagieren. Forscher führen einen bestimmten Satz geordneter Aufgaben durch, um drei mögliche Beziehungen zwischen Proteinen unter Bewertung zu offenbaren. Wie bei den meisten wissenschaftlichen Tests beginnt es mit Reinigung und endet mit dem Fazit. Laut Harvard-Forschern können technologische Fortschritte in der SeqChIP-Analyse es Wissenschaftlern ermöglichen, biologische Phänomene umfassender zu untersuchen.
Vorbereiten
- SeqChIP-Experimente enthalten sorgfältige Vorbereitung, um die Magnetperlen für das Experiment zu desinfizieren und zu reinigen. Forscher müssen die Perlen mehrmals waschen und sie in „Block“-Lösung reinigen. Die Perlen werden dann zum Trocknen suspendiert und erneut gewaschen. Im Allgemeinen lassen Wissenschaftler einen Tag vor der letzten Wäsche verstreichen, bevor sie zum Verknüpfungsstadium übergehen. Angesichts der Natur variierender DNA-Stränge zur Bewertung variiert auch dieses Stadium der Vorbereitung in seiner Komplexität. Jedoch bleibt eine wissenschaftliche Wahrheit bestehen: Je sauberer der Test, desto sauberer das Ergebnis.
Verknüpfen
- Wissenschaftler wählen DNA-Protein-Komplexe oder Bereiche der Strang zur Verbesserung mit einem Antikörper aus. Im Wesentlichen bringen Biologen Proteine nebeneinander, um ihre Interaktion zu beobachten. Einmal beobachtet, muss die Quervernetzung in umgekehrter Reihenfolge bestätigt werden. Beziehen sich die Proteine noch, wenn die Sequenz umgekehrt wird? SeqChIP-Wissenschaftler glauben, dass das Zusammenleben beider Proteine, wenn sie in die entgegengesetzte Richtung bewertet werden, überzeugende Beweise für eine vollständige Co-Occupation liefert und eine eindeutige Differenzierung von teilweiser Co-Occupation und keiner Co-Occupation ermöglicht.
Reinigen
- Die Polymerase-Kettenreaktion oder „PCR“ ist ein DNA-Verstärkungsverfahren, das die Qualität oder Reinheit von DNA überprüft. PCR wird in drei Stadien durchgeführt. Erstens schmilzt PCR die Stränge auseinander, indem die Temperatur erhöht wird. Dann bringen Forscher die beiden Vorlagenstränge mit PCR-Primern wieder zusammen. Schließlich inkubieren Biologen die DNA, sodass Polymerase-Primer dazu führen, dass die zu untersuchenden Zellen clustern. Von dort aus bewegen sich Forscher zur Untersuchung der Cluster.
Bewerten
- Die Analyse untersucht die DNA-Stränge auf das Vorhandensein oder Fehlen von „Occupation“, einer interaktiven Beziehung zwischen Proteinen. Zwei Proteine, die immer mit demselben DNA-Fragment assoziiert sind, haben eine vollständige Co-Occupation; keine Co-Occupation tritt auf, wenn die Proteine nur in sich gegenseitig ausschließenden Teilpopulationen des DNA-Strangs assoziieren können; teilweise Co-Occupation bedeutet, dass einige DNA-Moleküle beide Proteine haben, während andere eines oder das andere haben. Wenn das SeqChIP-Testen ein Verfahren im Strang der Biologie ist, bietet es Wissenschaftlern die Möglichkeit, einzelne Ergebnisse auf eine gesamte genomische Struktur anzuwenden.
