Abfluss aufgrund von starken Regenfällen während eines Sturms kann katastrophale Auswirkungen auf Oberflächen- und Grundwasservorräte haben. Abfluss ist ein einzigartiges Problem in städtischen Gebieten, da Beton und andere befestigte Strukturen es unmöglich machen, dass Wasser beim Regen in den Boden einsickert. Das Wasser, das über befestigte Oberflächen fließt, nimmt nicht nur Bakterien, sondern auch Pestizide, Öle, Düngemittel und Schwermetalle auf. Laut dem Oregon Environmental Council entsteht auf einem asphaltierten Acre sechzehnmal mehr Abfluss als auf einem Acre Wiese. E. coli und fäkale Coli-Bakterien sind die zwei wichtigsten Bakterien im Abflusswasser.
Der Kot von Haustieren trägt Bakterien in sich. In städtischen Umgebungen gibt es hohe Konzentrationen von Tierkot und nicht viel Boden oder viele Pflanzen, um die Bakterien zu filtern, bevor sie in Bäche und Flüsse gelangen. Es wird geschätzt, dass es im Multnomah County, Oregon, etwa 120.000 Hunde gibt. Jeder Hund produziert durchschnittlich fünf Pfund Kot pro Woche. Dies entspricht 600.000 Pfund Hundekot und den damit verbundenen Bakterien, die potenziell jede Woche in Grund- und Oberflächenwasser gelangen.
Städte mit alten stadtweiten Abwassersystemen haben manchmal Probleme mit überlaufenden Abwässern bei starken Regenfällen. Der Regen dringt schneller in die Abwasserrohre ein, als die Rohre sowohl das Abwasser aus den Haushalten als auch das Regenwasser abführen können. Das bedeutet, dass rohes Abwasser direkt in umliegende Bäche und Flüsse fließt. Neuere, fortschrittliche Technologie und umweltbewusstere Stadt- und Planungssysteme können dieses Problem weitgehend beseitigen.
Vogelkot ist eine der größten Bakterienquellen im Abflusswasser aus einigen städtischen Umgebungen. Große Vogelpopulationen gedeihen in Städten, wo Menschen sie entweder freiwillig füttern oder indem sie Lebensmittelabfälle auf den Straßen liegen lassen. In natürlichen Umgebungen sind Vogelpopulationen weiter verteilt und ihr Kot kehrt in den Boden zurück, um von Pflanzen gefiltert und als natürlicher Dünger verwendet zu werden.
Lösungen für den urbanen Wasserabfluss umfassen eine verstärkte grüne Entwicklung. Durchlässiger Belag ist ein Belagsmaterial, das Wasser durchlässt. Er kann in Bereichen mit Fußgängerverkehr und leichtem Autoverkehr wie Gehwegen und privaten Einfahrten verwendet werden. Gründächer sind im Wesentlichen Dachgärten, die Regenwasser nutzen, anstatt es über die Dachrinnen abfließen zu lassen. Zisternen können verwendet werden, um Regenwasser zu sammeln und es für Haushalte, Rasenflächen und Gärten zu nutzen.

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