Zersetzer sind ein integraler Bestandteil jedes gesunden Ökosystems, zersetzen pflanzliche und tierische Substanz und geben vereinfachte Nährstoffe frei, die als Energie von anderen Kreaturen genutzt werden können. Unterwasserökosysteme sind da keine Ausnahme und weisen verschiedene Arten von Zersetzern auf, die auch an Land vorkommen.
Wie an Land sind Bakterien eine der häufigsten Zersetzergruppen in jedem Unterwasserökosystem. Zu jedem beliebigen Zeitpunkt bedecken Bakterien so ziemlich alles in einer Meeresumgebung. Sobald also eine Pflanze oder ein Tier stirbt, sind Bakterien oft die ersten Zersetzer, die daran arbeiten, diese organische Substanz in die Nährstoffe umzuwandeln, auf die andere Meeresbewohner angewiesen sind. Bakterien werden als „Mikrozersetzer“ bezeichnet, weil sie mit dem bloßen Auge nicht zu sehen sind.
Ein weiterer Zersetzer, der unter Wasser und an Land vorkommt, sind Pilze. Sie variieren in der Größe von einem kleinen Mikrozersetzer bis zu bestimmten Pilzen, die größer als kleine Säugetiere werden. Unter Wasser sind Pilze typischerweise mikroskopisch klein, obwohl sie, sobald sie mit der Zersetzung einer Pflanze oder eines Tieres beginnen, eine dicke, sichtbare gallertartige Schicht um die organische Substanz herum bilden. Dies ähnelt den Schimmelpilzschichten, die auf zersetzenden Pflanzen und Tieren an Land wachsen.
Unterwasserökosysteme enthalten auch Würmer, die als Zersetzer fungieren. Wie ihre landlebenden Verwandten vergraben sich viele dieser Würmer unter der Oberfläche des Meeresbodens, während sie sich langsam bewegen, um Detritus (Abfall) und übrig gebliebene organische Substanz aufzuräumen und in etwas umzuwandeln, das andere Pflanzen und Tiere nutzen können. Meerwürmer sind viel größer als Bakterien oder Pilze und gelten als Makrozersetzer. Sie können leuchtend und farbenfroh aussehen, was einige Aquarienbesitzer dazu ermutigt, diese Würmer als nützliche Haustiere zu halten, die helfen, Aquarien sauber zu halten.
Seeigel, Seesterne und Seegurken sind alles Stachelhäuter, die ausschließlich in Meeresökosystemen vorkommen. Diese farbenfrohen, oft symmetrischen Wirbellosen sind Allesfresser, da sie andere Tiere und Pflanzen fressen. Stachelhäuter ernähren sich jedoch auch von dem dicken Film organischer Substanz, der Unterwasser-Felsformationen überzieht, und verarbeiten ihn, wodurch sie ebenfalls Makrozersetzer sind, die zur Erhaltung von Unterwasserökosystemen beitragen.

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