Gelelektrophorese ist eine Standardtechnik zur Trennung von DNA, RNA oder Protein durch ein Gel mithilfe eines elektrischen Stroms. Sie nutzt die elektrische Ladung der Moleküle, um sie in einem Gel unter Verwendung eines elektrischen Stroms zu trennen.
Agarose
- Agarose-Gel ist die häufigste Methode zur Visualisierung von DNA. Je nach Größe der zu visualisierenden DNA können unterschiedliche Prozentsätze von Agarose verwendet werden. Ein niedriger Prozentsatz von Agarose, wie 0,7 Prozent, hat die Auflösung, um große DNA-Fragmente zu visualisieren. Ein höherer Prozentsatz, wie 2 Prozent, wird oft verwendet, um kleine DNA-Fragmente zu visualisieren. Um DNA zu visualisieren, wird oft Ethidiumbromid verwendet, da es mit DNA interkaliert und unter UV-Licht fluoresziert.
Polyacrylamid
- Polyacrylamidgele werden verwendet, um DNA-Fragmente von bis zu 10 Basenpaaren bis zu 1 kb zu trennen. Diese Gele haben einen kleinen Trennungsbereich, aber eine hohe Auflösung. Sie sind jedoch auch komplizierter herzustellen. Es ist auch möglich, große Mengen an DNA zu laden, ohne die Auflösung zu beeinträchtigen. Wie bei Agarose wird oft Ethidiumbromid verwendet, um die DNA-Fragmente zu visualisieren, aber Polyacrylamid kann die Fluoreszenz löschen, was es schwierig macht, kleine Mengen an DNA zu visualisieren.
Pulsfeld-Elektrophorese
- Diese Form der Elektrophorese wird verwendet, um große DNA-Moleküle zu trennen und wird oft für Genotypisierung verwendet. Große DNA-Fragmente wandern mit einer ähnlichen Geschwindigkeit. Daher kann es schwierig sein, verschiedene Bande aufzulösen. Pulsfeld-Elektrophorese wechselt das elektrische Feld ab. Dies ermöglicht eine größere Trennung und Auflösung der DNA.
Kapillarelektrophorese
- Kapillarelektrophorese ist eine schnelle und empfindliche Methode zur Trennung von DNA. Kleine Mengen an DNA können aufgelöst werden. Die DNA kann mit fluoreszierender Markierung oder unter Verwendung von UV-Licht visualisiert werden.
Denaturierende Elektrophorese
- Die Trennung von DNA kann durch ihre Struktur erschwert werden. Es ist möglich, mit Harnstoff und Formamid die Struktur zu zerstören, indem der Schmelzpunkt von DNA gesenkt wird. Dies kann sowohl in Agarose- als auch in Polyacrylamidgelen verwendet werden.
Überlegungen
- Die ausgewählte Elektrophorese-Methode hängt von der Größe der zu trennenden DNA-Fragmente ab. Auch wie die DNA nach der Trennung verwendet werden soll, bestimmt die endgültige Methode.
