Bakterien kommen in einigen der unwirtlichsten Umgebungen vor, die sich der Mensch vorstellen kann. Sauerstoff wird von anaeroben Bakterien nicht genutzt. Im Fall von anaeroben Bakterien tötet Sauerstoff die Bakterien ab oder ist für die Bakterien bei der Energieerzeugung einfach nicht nützlich. Anaerobe Bakterien verwenden andere Moleküle als Sauerstoff, um die Energieerzeugung abzuschließen.
Anaerobe Bakterienpopulationen weisen wie aerobe Bakterien vier Wachstumsstadien auf: Verzögerungsphase, exponentielle Wachstumsphase, stationäre Phase und Todesphase. Nach Angaben des University of Maryland Medical Centers kommt es zu anaeroben Bakterien im Körper bei Erkrankungen wie Blinddarmentzündung, Divertikulitis und Darmperforation.
Da sie keinen Sauerstoff benötigen, benötigen anaerobe Bakterien einen anderen Weg, um Energie für Zellprozesse zu erzeugen. Nitrat und Sulfat sind zwei der häufigsten Elektronenakzeptoren für anaerobe Bakterien. Die Anwesenheit anaerober Bakterien in Lebensmitteln hängt von der Sauerstoffverfügbarkeit der Lebensmittel ab. Lebensmittel wie Honig, Marmeladen und Gelees, in denen wenig oder kein Sauerstoff vorhanden ist, können anaerobe Bakterien beherbergen.

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