Glucosamin-Chondroitin-Präparate können gastrointestinale Nebenwirkungen hervorrufen, wie Übelkeit, Durchfall, Verstopfung, Sodbrennen und Schmerzen im mittleren Oberbauch.
Nebenwirkungen, die auf Herz-Kreislaufprobleme hindeuten, erfordern einen Arztbesuch. Da Glucosamin aus den Schalen von Krebstieren hergestellt wird, können Menschen mit Schalentierallergie allergisch reagieren.
Theoretisch könnte Chondroitin die Wirkung von blutverdünnenden Medikamenten verstärken. Glucosamin kann die Wirksamkeit bestimmter zur Krebsbehandlung eingesetzter Medikamente verringern.

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