Alle Mikroskope dienen dazu, eine vergrößerte Ansicht eines Objekts zu erhalten. Ein Präpariermikroskop wird verwendet, um Objekte zu betrachten, die dicker sind als diejenigen, die unter einem Lichtmikroskop untersucht werden. Lichtmikroskope bieten typischerweise eine Vergrößerung von 10- bis 40-fach. Präpariermikroskope ergeben hingegen nur eine Vergrößerung von 3- bis 5-fach. Die reduzierte Vergrößerung ist kein Nachteil, da das Präpariermikroskop anders verwendet wird als ein Lichtmikroskop.
Präpariermikroskope haben zwei Okulare, die eine binokulare Sicht ermöglichen. Dies erlaubt eine bessere Fokussierung und weniger Augenbelastung.
Binokulare Sicht erlaubt es dem Anwender, Objekte in 3D zu sehen. Dies ist mit einem Lichtmikroskop nicht möglich.
Die geringere Vergrößerung des Präpariermikroskops gibt dem Anwender ein größeres Sichtfeld. In einigen Fällen kann das gesamte Objekt unter dem Präpariermikroskop betrachtet werden, anstatt nur ein paar Zellen.
Präpariermikroskope können verwendet werden, um lebende Objekte zu betrachten, die nicht mikroskopisch sind. Keine andere Mikroskopform erlaubt dies.
Da die Objekte dicker sind, werden sie bei einem Präpariermikroskop nicht von unten beleuchtet. Dies erlaubt es, das Licht überall dort zu platzieren, wo es benötigt wird, um die Ansicht des Objekts zu verbessern.

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