Die meisten Fälle von viraler Myokarditis heilen vollständig mit vollständiger Wiederherstellung der Herzfunktion aus. Die Prognose ist im Allgemeinen günstig. Die Erholungszeit variiert: milde Fälle können sich in Wochen erholen, während schwere Fälle Monate bis zu einem Jahr dauern können. Seltene, aber ernsthafte Komplikationen umfassen Herzinsuffizienz, Arrhythmien und plötzlichen Herztod. Regelmäßige Nachsorge mit Echokardiographie und Rhythmusüberwachung wird empfohlen.

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