Antigener Shift stellt eine abrupte, wesentliche Veränderung der Oberflächenglykoproteine eines Virus dar, die ein neues antigenes Subtyp erzeugt, gegen das die Bevölkerung keine vorbestehende Immunität besitzt. Dieses Phänomen wird klassisch bei Influenzaviren A beschrieben.
Influenza A exprimiert zwei Oberflächenglykoproteine: Hämagglutinin (HA; 18 Subtypen) und Neuraminidase (NA; 11 Subtypen). Antigener Shift tritt über Reassortierung auf – den Austausch ganzer HA- und/oder NA-Genabschnitte, wenn zwei unterschiedliche Influenzaviren (z. B. menschlich und aviär, oder menschlich und schwein) dieselbe Wirtszelle infizieren. Nachkommende Virionen verpacken neue HA/NA-Kombinationen und schaffen immunologisch unterschiedliche Subtypen.
Antigener Shift unterscheidet sich von antigenem Drift (allmähliche Punktmutationen in HA/NA). Shift ist plötzlich, diskontinuierlich und pandemieverstärkend; Drift ist inkrementell und treibt saisonale Epidemien an.

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