E. coli wird von mehreren Fressfeinden verzehrt und kann während der Verdauung zerstört werden, insbesondere von nützlichen Bakterienpopulationen im menschlichen Darmtrakt, wie z. B. bestimmten Stämmen von Lactobacillus und Bifidobacterium sowie Bakteriophagen, bei denen es sich um Viren handelt, die Bakterien infizieren und zerstören.
