Die Bandbreite der durch defekte Kleinkläranlagen verursachten Wasserschadstoffe umfasst Chemikalien, Bakterien, schädliche anorganische Materialien wie Arsen und pharmakologische Kontaminanten, so der USGS. Das Ausmaß der Wasserverschmutzung hängt vom Standort der defekten Kleinkläranlage ab. Wenn die Kleinkläranlage an einen privaten Wasserbrunnen, Fluss, See oder Bach angrenzt, wird die Eintrittsleckage sowohl Grund- als auch Oberflächenwasser kontaminieren. Im Großen und Ganzen werden private Brunnen und Kleinkläranlagen von den Bundesstaaten reguliert.
Laut der EPA nutzen schätzungsweise 30 Prozent aller Haushalte eine bodenabsorbierende Kleinkläranlage zur Entsorgung von Abfällen. Eine ordnungsgemäß konzipierte, installierte und gewartete Kleinkläranlage besteht aus einem wasserdichten Behälter, einem Versickerungsfeld und ausreichenden Bodenverhältnissen unter dem Versickerungsfeld. Nur 32 Prozent aller vorhandenen Kleinkläranlagen erfüllen die Kriterien für eine ausreichende Bodenabsorption, aufgrund von Felsgrund, sandigem Boden und hohem Grundwasserstand.
Laut der EPA kann die unsachgemäße Entsorgung gängiger Haushaltsprodukte wie Kunststoffe, Reinigungslösungen, Düngemittel, Insektizide, Pestizide, erdölbasierte Produkte und Körperpflegeprodukte in eine Kleinkläranlage die Wasserqualität im Falle eines Kleinkläranlagenversagens beeinträchtigen. Einige Produkte enthalten Chemikalien wie Stickstoff, der zu Nitriten wird, die bekannt dafür sind, das „Blue-Baby-Syndrom“ zu verursachen, und PCBs, die in Kunststoffen vorkommen, können beim Menschen als endokriner Disruptor wirken.
Die Centers for Disease Control (CDC) stellen fest, dass eine häufige Ursache für die Kontamination von Brunnenwasser ein Versagen der Kleinkläranlage ist. Das Versagen kann ein struktureller oder konstruktiver Mangel sein, aber Naturkatastrophen wie Überschwemmungen, Erdbeben und Hurrikane können schädliche Krankheitserreger ins Wasserversorgungssystem freisetzen. Krankheitserreger umfassen Hepatitis A, E. coli, Giardia intestinalis, Shigella spp., Campylobacter jejuni und Salmonella. Die CDC Waterborne Surveillance Survey für 2005–2006 fand Fälle von Norovirus und anderen wasserübertragenen Krankheiten, die mit kontaminierten Wasserquellen aufgrund unsachgemäß gewarteter Abwasserentsorgung in Verbindung standen.
Einige schädliche Materialien kommen natürlich vor, wie Arsen, Blei, Chrom und Quecksilber. Diese Materialien können jedoch in konzentrierter Form in Thermometern, Holzschutzmitteln, Farbe oder unsachgemäß gewarteter Haushaltsinstallation vorkommen. Während die EPA diese Materialien als giftig eingestuft hat, werden viele Formen dieser Materialien für industrielle und Verbraucherprodukte verwendet. Die EPA und staatliche Umweltqualitätsbehörden legen Mindest- und Höchstwerte der Exposition für öffentliches Trinkwasser fest, aber private Kleinkläranlagen und Wasserbrunnen erfordern Wachsamkeit seitens des Hausbesitzers.
Laut Public Employees for Environmental Responsibility gelangen etwa 60.000 künstliche Verbindungen in die US-Gewässer. Von diesen Verbindungen unterliegen nur 91 dem Safe Drinking Water Act. Die Mehrheit dieser neuartigen Kontaminanten wurde nicht untersucht oder wird derzeit geprüft. Die primären Verbindungen, die besorgniserregend sind, umfassen endokrine Disruptoren, Hormone, Krebsbehandlungsmedikamente, Körperpflegeprodukte, Flammschutzmaterialien, Antidepressiva und andere Arzneimittel, die einfach nicht verschwinden.
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