Nicht alle Bakterien sind für den Menschen schädlich. Ein Beispiel für nützliche Bakterien ist Lactobacillus GG. Diese werden auch Probiotika genannt und unterstützen die Verdauung, indem sie die Menge an schlechten Bakterien im Dickdarm begrenzen. Es gibt jedoch schlechte Bakterien, die außerhalb des Körpers vorkommen und nicht nur für Menschen schädlich, sondern auch tödlich sein können. Einige dieser Bakterien finden sich im Flusswasser.
Dr. Charles L. Stoltenow, ein Erweiterungsveterinär an der North Dakota State University, schrieb einen Artikel über Cyanobakterien-Vergiftung bei Tieren, die Wasser getrunken haben, das eine oder mehrere Arten von Cyanobakterien enthält. Laut Dr. Stoltenow können Cyanobakterien, auch bekannt als Blaualgen, Krämpfe, blutigen Durchfall und plötzlichen Tod bei betroffenen Tieren verursachen. Cyanobakterien sind photosynthetische Bakterien, was bedeutet, dass sie die Energie der Sonne nutzen, um organisches Material zu produzieren. Photosynthese ist auch, wie sie ihr Markenzeichen, das blaugrüne Pigment, erhalten. Cyanobakterien, die in vielen Gewässern vorkommen, einschließlich Flusswasser, produzieren „Geschmacks- und Geruchsverbindungen“. Laut dem USGS Kansas Algal Toxin Research Team wurden diese Cyanobakterienverbindungen in mindestens 35 US-Bundesstaaten gemeldet, um Krankheiten und sogar den Tod bei Menschen und Tieren zu verursachen.
Yersinia enterocolitica-Infektion wird normalerweise dem Verzehr von rohem oder nicht durchgegartem Schweinefleisch und Schweinefleischprodukten zugeschrieben. Allerdings kann Yersinia enterocolitica auch auf Tiere und Menschen in stark kontaminiertem Flusswasser übertragen werden. Symptome einer Infektion umfassen Fieber, Bauchschmerzen und blutigen Durchfall. Laut einer 1980 veröffentlichten Studie im internationalen Journal Current Microbiology, Vol. 4, wurden 24 isolierte Stämme des Yersinia enterocolitica aus 46 Wasserproben identifiziert, die aus kleinen Flüssen in ganz Belgien entnommen wurden. Diese Stämme zeigten biochemische und serologische Eigenschaften, was bedeutet, dass die Bakterienkontamination das direkte Ergebnis von biologischem Material war.
Mikroorganismen wie Kolibakterien Escherichia coli und Streptokokken sind aus mehreren Gründen im Flusswasser zu finden. Weidetiere können in oder in der Nähe von Flüssen defäkieren, was zu einer hohen Konzentration von Fäkalbakterien beitragen kann. Andere Wege, wie diese Bakterien in ein Flusssystem oder eine Flusswasserquelle gelangen können, sind über Regenwasserkanäle und fehlerhafte Abwassersysteme oder -behälter, wie einen öffentlichen Kanalüberlauf oder eine Undichtigkeit einer Klärgrube. Beim Menschen können Streptokokken-Bakterien Rheumatisches Fieber, akute Glomerulonephritis (Nierenerkrankung), Scharlach, Bakteriensepsis, genannt Bakteriämie, und toxisches Schocksyndrom verursachen. Eine Vergiftung mit menschlichen Kolibakterien kann Krämpfe, Durchfall und in einigen Fällen andere wasserübertragene Krankheiten verursachen.

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