Wie viele andere Gebiete der Welt leidet die Wüste unter Umweltproblemen, die einheimische Pflanzen- und Tierarten gefährden und zum Aussterben führen sowie den Verlust sensibler Lebensräume verursachen können. Die Neigung menschlicher Populationen, sich in unbewohnte Gebiete auszudehnen und manchmal industrielle Betriebe in ein Wüstenökosystem zu bringen, kann zu Problemen führen. Abhilfemaßnahmen zielen darauf ab, den Schaden umzukehren und Wüstenumgebungen zu schützen.
Viele in Wüstenbiomen heimische Pflanzen sind gefährdet, und einige sind bereits ausgestorben. Gefährdete und bedrohte Wüstenpflanzenarten umfassen Purpursalbei, entferntes Kaninchenstrauch, Schafsflöhenkraut und Cane Spring Abendprämiose. Die Nutzung von Wüstenland zur Beweidung von Tieren, Kaliumcyanid im Goldbergbau und Bewässerungsmethoden, die zu viel Salz in den Boden bringen, können zum Verlust von Pflanzenleben führen. Lösungen umfassen den Schutz von Wüstengebieten vor Beweidungstieren, die Verwendung alternativer Abbaumethoden und die effizientere Nutzung vorhandener Wasservorräte, um die Bodenbedingungen zu verbessern. Die Pflanzung von Hülsenfrüchten, die Stickstoff in den Boden abgeben, kann ihn fruchtbarer machen, und die Fruchtfolge kann den empfindlichen Boden schützen.
Viele der gleichen Probleme, denen Wüstenpflanzen ausgesetzt sind, gefährden Wüstentiere. Probleme umfassen Beweidungstiere, die natürliche Nahrungsquellen und Lebensräume von Tieren zerstören, sowie die Verwendung von Kaliumcyanid und die Einlagerung von Atommüll in Wüsten, was Wildtiere vergiften kann. Viele Schutzbemühungen unterteilen Wüsten in Zonen, die Millionen von Acres Land vor kommerzieller Nutzung schützen und den Zugang auf nicht motorisierte Nutzung beschränken. Die Gebiete, die Nutzungen wie Bergbau, Viehbeweidung, Erholung, Energie- und Versorgungsentwicklung erlauben, verlangen, dass Nutzer Schäden reparieren. Die US-Regierung hat Wildreservate in Wüsten eingerichtet, die gefährdete und bedrohte Arten wie die Wüstenschildkröte, Pahrump-Poolbarsch, Townsend-Großohrfledermaus, gefleckte Fledermaus, Schopfbussarde, Wüstenkauz und Myotis beherbergen. Nachdem sie durch den Desert National Wildlife Refuge in Nevada aufgezogen wurden, wurden der Wanderfalke und der Weißkopfseeadler von der Liste der gefährdeten Arten gestrichen.
Brände, Dürre und menschliche Aktivitäten in der Wüste können Wüstenlebensräume verändern und zum Verlust der natürlichen Umgebung führen. Langsam wachsende Wüstensträucher und -bäume, die brennen, werden oft durch schnell wachsendes Gras ersetzt, und Dürre verursacht den Verlust natürlicher Wasserlöcher, die einen Großteil des Lebens in Wüsten unterstützen. Die Nutzung von Wüstenland für kommerzielle und Erholungszwecke kann Lebensräume beschädigen. Mögliche Lösungen, um Wüstenlebensräume in ihrer natürlichen Form zu erhalten, umfassen die Pflanzung von sandfixierenden Sträuchern und Bäumen, die Zonierung vieler Wüstengebiete, um menschliche Aktivitäten wie das Fahren von Geländefahrzeugen und Atomtests zu verbieten, und das Graben schmaler Gräben in den Boden, um Regen zu fangen und Samen zu pflanzen.

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