Endotoxine sind kleine, bakterielle Moleküle. Sie befinden sich typischerweise auf Laborgeräten und Chemikalien. Ihr Vorkommen kontaminiert Laborzellkulturen, Experimentergebnisse und Medikamente für den internen Gebrauch und kann beim Menschen Fieber verursachen. Laborprotokolle zielen darauf ab, Endotoxin-Kontamination zu verhindern.
Labor-Materialien wie chemische Reagenzien und Puffersysteme sind eine Endotoxin-Quelle. Diese sollten mit dem bakteriellen Endotoxin-Test der Food and Drug Administration (FDA) auf Endotoxine getestet werden. Wasser ist eine weitere Endotoxin-Quelle. Destillation ist eine effektive Methode zur Entfernung der Verunreinigungen. Die Hände von Menschen sind eine weitere Quelle; daher sollten Latexhandschuhe getragen werden, wenn sowohl Wasser als auch Laborgeräte gehandhabt werden.
Da Endotoxine bei Einwirkung hoher Temperaturen stabil bleiben, funktionieren normale Sterilisationsmethoden nicht. Endotoxine sind zudem hydrophob. Das bedeutet, dass die Moleküle an der Oberfläche anderer hydrophober Materialien haften, wie Kunststoff, aus dem viele Laborgeräte bestehen. Die FDA empfiehlt die Verwendung von Trockenhitzesterilisation bei hohen Temperaturen. Untersuchungen zeigen, dass das Erhitzen von Glasgeräten bei 250 Grad Celsius für 45 Minuten effektiv ist.
Es ist nicht möglich, alle Endotoxine während des Arzneimittelherstellungsprozesses zu entfernen. Hersteller müssen Arzneimittel auf Endotoxinspiegel testen, und diese müssen den FDA-Richtlinien entsprechen. Beispielsweise hat steriles Wasser ein Limit von 0,25 Endotoxin-Einheiten (EU), und Cyanocobalamin-Injektionen (Vitamin B12) haben ein Limit von 350 EU pro Milliliter (ml) des Produkts.

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