Eine der verheerendsten Überschwemmungen ereignete sich im Februar und März 1990 von Selma bis zur Mündung des Alabama River mit dem Tombigbee River. Eine weitere bemerkenswerte Überschwemmung ereignete sich von Februar bis März 1961, als die Wasserstände 17 Tage lang über dem Hochwasserstand lagen.
Der Rekordstand am Henry Lock and Dam wurde im März 1990 erreicht, als der Fluss auf 135,43 Fuß anstieg, 13,43 Fuß über dem Hochwasserstand. Selmas Rekordstand wurde im März 1961 erreicht, als der Fluss auf 58,35 Fuß anstieg, 13,3 Fuß über dem Hochwasserstand.
Hochwasser geschieht jährlich irgendwann zwischen November und April, wenn eine Wetterfront mehrere Tage lang starke Regenfälle verursachen kann. Tropische Stürme und Hurrikane verursachen seltener Überschwemmungen zwischen Juli und November.
Der National Weather Service liefert aktuelle Informationen zu den Hochwasserständen für den Alabama River. Pegel befinden sich am Claiborne Dam, Miller's Ferry, Selma, Henry Lock and Dam und Montgomery.
Im Februar 1865 trat der Alabama River über seine Ufer und überschwemmte die Stadt Cahaba. Das Wasser reichte im Gefängnis von Cahaba bis zur Taille, und Konföderiertenwachen nutzten Boote, um zu ihren Arbeitsplätzen zu gelangen.

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