Mögliche Nebenwirkungen der immunsuppressiven Therapie umfassen Fieber, hohen Blutdruck, Haarausfall oder übermäßiges Wachstum, Gelenkschmerzen, Übelkeit, Juckreiz und Zittern.
Einige Nebenwirkungen der immunsuppressiven Therapie treten sofort auf, während andere im Laufe der Zeit auftreten. Die meisten Nebenwirkungen der Therapie klingen nach Beendigung der Behandlung ab, so das National Marrow Donor Program.
Da die immunsuppressive Therapie das Immunsystem hemmt, entwickeln viele Patienten während der Behandlung Infektionen. Diese Zustände sind normalerweise mit Medikamenten behandelbar und umfassen Pilz- und Bakterieninfektionen.
Risiken der immunsuppressiven Therapie umfassen Verlust des Knochenmarks, Osteoporose und Schäden an den Nieren, der Leber oder der Bauchspeicheldrüse.
In einer in der Acta Med Austriaca veröffentlichten Studie berichtete Dr. N. Thumb, dass die immunsuppressive Therapie ein Risiko für die Entwicklung von Leukämie, Lymphom und anderen Krebsarten darstellt.

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