Obwohl Keimlinge reich an Nährstoffen sind, sind sie auch leichte Ziele für Bakterienwachstum. Jedes Jahr berichtet die U.S. Food and Drug Administration (FDA) Fälle von Salmonellenvergiftung im Zusammenhang mit dem Verzehr von Keimlingen. Im Februar 2008 wurden beispielsweise 228 Fälle von keimlingsbedingter Salmonellen in 13 Bundesstaaten gemeldet.
Seit 1999 haben die FDA, das Landwirtschaftsministerium (USDA) und die Centers for Disease Control and Prevention (CDC) empfohlen, dass Personen mit hohem Risiko für bakterielle Infektione keine Keimlinge jeglicher Art essen sollten.
Laut FDA, USDA und CDC gehören diejenigen mit dem höchsten Risiko für bakterielle Infektionen zu den älteren Menschen, Menschen mit geschwächtem Immunsystem, schwangeren Frauen und kleinen Kindern, einschließlich Säuglingen.
Während empfohlen wird, dass gefährdete Bevölkerungsgruppen Keimlinge in keiner Form essen, gilt die Warnung insbesondere für den Verzehr von rohen Keimlingen. Wenn Keimlinge gründlich gekocht werden, wird das Risiko einer bakteriellen Infektion reduziert.
Gesunde Erwachsene, die nicht schwanger sind und ein starkes Immunsystem haben, gehören zu einer viel niedrigeren Risikokategorie, wenn es um den Verzehr von Keimlingen geht. Gesundheitsbehörden raten Verbrauchern jedoch immer noch, Keimlinge sorgfältig zu waschen und sie zu kochen, anstatt sie roh zu essen.

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