Da das Immunsystem durch die Auswirkungen von HIV geschädigt wird, entwickeln Menschen mit fortgeschrittener HIV-Erkrankung Krankheiten durch Infektionen (bakterielle, virale, pilzliche und parasitäre), die bei gesunden Menschen keine Krankheit verursachen. Diese werden opportunistische Infektionen (OIs) genannt. Häufige OIs umfassen Candidiasis (ein Pilz im Mund), Zytomegalievirus (das zu Blindheit führen kann), Toxoplasmose (eine parasitäre Hirnkrankheit) und Pneumocystis-Pneumonie.
Zwei Zustände verursachen Gewichtsverlust bei AIDS. Dies sind das AIDS-Abmagerungssyndrom, das zum Verlust von Muskelmasse führt, und Lipodystrophie, das zum Verlust und zur Umverteilung von Fett führt.
Drei Krebsarten stehen in Verbindung mit AIDS. Dies sind Gebärmutterhalskrebs, Lymphome (Krebsarten von durch AIDS betroffenen Immunzellen) und Kaposi-Sarkom, ein Hautkrebs, der purpurne Läsionen verursacht.
AIDS kann auch Auswirkungen auf das Nervensystem haben. Der ernsteste neurologische Zustand bei AIDS ist das AIDS-Demenz-Komplex (ADC), das Denken, Bewegung und Verhalten beeinträchtigt.
Einige AIDS-assoziierte Erkrankungen sprechen auf eine Behandlung mit Antiretroviralen an, die im allgemeinen Management der HIV-Erkrankung eingesetzt werden. Andere Zustände müssen spezifischer behandelt werden, beispielsweise mit Antibiotika, Antiviralen, Antimykotika oder Krebsbehandlungen.

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