Schwesterchromatiden – identische DNA-Kopien, die während der Replikation produziert werden – sind am Zentromer verbunden, einer spezialisierten chromosomalen Region. Das Zentromer dient als Assemblierungsstelle für den Kinetochor, den Proteinkomplex, der sich an Spindelmikrotubuli für die Chromosomensegregation während Mitose und Meiose anheftet.
Synapse ist eine völlig andere Struktur: eine neuronale Verbindung für Neurotransmission zwischen Neuronen (oder einem Neuron und einer Effektorzelle). Sie hat keine Rolle in der Chromosomenstruktur oder -segregation.
Verwechslung kann von „Synapsis“ herrühren, der Paarung von homologen Chromosomen während der Prophase I der Meiose. Aber Synapsis beinhaltet homologe Chromosomen, nicht Schwesterchromatiden.

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