Der Beginn der Sauerstoffvergiftung beginnt mit den Räumen in der Lunge, die normalerweise für Luft reserviert sind und sich schnell mit Flüssigkeit füllen. Dies wird normalerweise von Blutungen im Inneren der Lunge gefolgt, was zur Bildung einer klebrigen Schicht von Rückständen führt, die die normale Lungenfunktion beeinträchtigt. Wenn nicht behandelt, verschlechtert sich der Zustand weiter, während der Körper versucht, sich zu heilen. Das Innere der Lunge beginnt sich zu verdicken und zu vernarben, weil Gewebetypen, die normalerweise mit Heilung verbunden sind, zu bilden beginnen.
Die Auswirkungen von mit Flüssigkeit und Gewebe gefüllten Lungen sind vielfältig. Ein Patient, der Sauerstoffvergiftung erleidet, verliert schnell die Lungenkapazität; sie wird nicht so viel Luft ein- oder ausatmen können, wie sie normalerweise würde. Die Lungenkomplianz sinkt, was bedeutet, dass die Lungen manchmal beim Einatmen nicht expandieren oder beim Ausatmen nicht zusammenziehen. Auch kann Kohlenmonoxid nicht so leicht aus dem Blut, über das Lungengewebe und zurück in die Atmosphäre diffundieren. Dies ist äußerst gefährlich, weil Kohlenmonoxid den Tod verursachen kann, wenn es zu stark im menschlichen Blutstrom konzentriert ist.
Auf zellulärer Ebene findet ein Krieg zwischen Sauerstoffmolekülen und Zellkomponenten statt. Wenn Menschen Sauerstoff atmen, bildet das Element Derivatmoleküle wie Sauerstofffreiradikale, Superoxid-Anionen, Wasserstoffperoxid sowie Hydroperoxy- und Hydroxylradikale. Kurz gesagt, diese Moleküle können Zellmembranen und wichtige zelluläre Moleküle wie Enzyme zerstören. Normalerweise werden die Mengen dieser tödlichen Moleküle in handhabbaren Grenzen gehalten. Aber wenn eine Person hochkonzentrierten Sauerstoff atmet, steigt die Konzentration dieser Moleküle, was wahrscheinlich das Lungengewebeschäden verursacht, die bei Fällen von Sauerstoffvergiftung zu sehen sind.

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