Viele Arten von Bakterien leben in den Därmen von Menschen und Tieren, ohne Krankheiten zu verursachen. Aber es gibt andere Arten oder Stämme von Bakterien, die pathogen sind und Infektionen verursachen können, wenn sie den Darm besiedeln. Händewaschen ist die beste Methode, um eine Infektion durch Bakterien zu verhindern.
Es gibt fünf Klassen von Escherichia coli (E. coli), die als Verursacher von Darm-Infektionen anerkannt sind: enterotoxigene E. coli (ETEC), enteroinvasive E. coli (EIEC), enterohemorrhagische E. coli (EHEC), enteropathogene E. coli (EPEC) und enteroaggregative E. coli (EAEC). ETEC ist gekennzeichnet durch Durchfall ohne Entzündung und Fieber und tritt meist bei Säuglingen und Reisenden auf. EIEC verursacht eine ruhrähnliche Diarrhöe (Schleim und Blut sind vorhanden) mit schwerer Entzündung und Fieber. EPEC verursacht wässrigen und manchmal blutigen Durchfall mit etwas Entzündung und keinem Fieber und tritt am häufigsten bei Säuglingen auf. EAEC infiziert am häufigsten kleine Kinder und verursacht anhaltenden, nicht-blutigen Durchfall ohne Entzündung und ohne Fieber. EHEC verursacht große Mengen blutiger Ausflüsse und eine intensive Entzündung bei Kindern.
Salmonella enterica verursacht Lebensmittelvergiftungen mit Entzündung des Magens und Darms. Salmonella typhi verursacht Typhus mit hohem Fieber, Kopfschmerzen, Husten, Darmblutungen und pink-rot-flecken auf der Haut.
Shigella dysenteriae verursacht Ruhr mit Fieber, Bauchschmerzen und Durchfall. Shigella sonnei verursacht blutigen Stuhlgang, Durchfall, Fieber, Müdigkeit, Krämpfe und ein ständiges Gefühl, den Darm entleeren zu müssen. Shigella boydii verursacht Magenschmerzen, Fieber, Schleim im Kot und blutigen Durchfall. Shigella flexneri verursacht Bauchschmerzen, Fieber, Erbrechen und Durchfall mit Schleim und Blut.
Bacillus anthracis kann den Darm durch den Verzehr von schlecht gegartem Fleisch von infizierten Tieren infizieren. Darm-Anthrax ist häufig tödlich.
Clostridium difficile verursacht eine Entzündung des Dickdarms (oft mit Bauchschmerzen und Episoden von Verstopfung und Durchfall) und pseudomembranöse Kolitis. Clostridium botulinum verursacht bei Säuglingen Verstopfung, schwache Saugleistung und allgemeine Schwäche.
Vibrio cholerae verursacht massiven wässrigen Durchfall, Dehydration, Azidose und Schock.

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