Anaerobe Bakterien benötigen oder verwenden keinen Sauerstoff als Nährstoff. Es gibt drei Arten anaerobter Bakterien: obligate Anaerobier, fakultative Anaerobier und aerotolerante Anaerobier.
Obligate Anaerobier leben durch Gärung (Energie aus der teilweisen Oxidation einer organischen Verbindung), anaerobe Atmung (Atmung, die keinen Sauerstoff als endgültigen Elektronenakzeptor verwendet), bakterielle Photosynthese (Energiequelle ist Licht) oder Methanogenese (Wasserstoff ist die Energiequelle und Methan wird produziert) und Sauerstoff ist für sie giftig.
Fakultative Anaerobier können zwischen aeroben und anaeroben Arten des Stoffwechsels wechseln.
Aerotolerante Anaerobier leben durch Gärung, aber Sauerstoff ist nicht giftig für sie.
Cholera, Diphtherie, Anthrax, Tetanus, Gingivitis, Lungenpest, Borreliose, Malta-Fieber, Shigellose, Darmentzündung, Abszesse, Meningitis, Weichscher, Parodontose, Zahnfleischentzündung, Botulismus, Scheidenpilz, Peritonitis, Blutvergiftung und Wundinfektionen können alle durch anaerobe bakterielle Infektionen verursacht werden.
Anaerobe bakterielle Infektionen sprechen häufig auf die Behandlung mit Lincomycin-Typ-Antibiotika wie Clindamycin an.

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