Sedimentablagerungen an Flussmündungen können helfen, die Gesundheit eines Flusses und seines Ökosystems zu bestimmen. Zu viel Sediment kann das Sonnenlicht blockieren und dadurch Pflanzen abtöten, die eine essentielle Nahrungs- und Unterkunftsquelle für Wasserlebewesen darstellen. Es kann auch die Kiemen von Fischen und die Fressfilter von Wirbellosen verstopfen. Nester und Eier im Wasser können negativ beeinflusst werden. Erhöhte Überflutungsrisiken und eine Verringerung der Verfügbarkeit von sicherem Trinkwasser sind Sorgen für Bevölkerungsgruppen, die in der Nähe eines Flusses mit übermäßigem Sediment leben. Die Kontrolle von Erosion und Schadstoffen, die flussaufwärts eindringen, kann dem Fluss und den benachbarten Gemeinden zugutekommen.
Wasser erodiert Gesteinsoberflächen, während es darüber fließt. Die Größe der Gesteinsteilchen, die in einen Fluss gespült oder vom Flussbett erodiert werden, hängt von der Geschwindigkeit des Wassers und der Zusammensetzung des Gesteins ab. Je kleiner die Teilchen, desto länger bleiben sie im Wasser suspendiert und desto wahrscheinlicher gelangen sie zur Mündung des Flusses und werden dort abgelagert. Tonpartikel, Mineralien und Boden werden ebenfalls aus ihren Einzugsgebieten in Flüsse gespült. Eine schlechte Landbewirtschaftung kann die Erosion erhöhen.
Organische Substanz kann bis zu 15 % des Fluss-Schlamms ausmachen. Dazu gehören Skelette und Schalen, die durch die Einwirkung des Flusses zermahlen wurden, sowie zersetzte Fische und Pflanzenleben. Organische Verbindungen wie DDT, Abwasser und Emissionen aus fossilen Brennstoffen sind eine direkte Folge menschlicher Aktivitäten. Obwohl organisch, sind einige dieser Schadstoffe schädlich für Tiere und Menschen. DDT zum Beispiel ist ein Pestizid, das in den 1970er Jahren verboten wurde, als es als möglicher Karzinogen identifiziert wurde. Seine beständige Anwesenheit im Fluss-Sediment heute ist ein Beweis dafür, wie widerstandsfähig diese Verbindung gegenüber dem Abbau in der Umwelt ist.
Düngemittel und Pestizide von Farmen und Gärten können in Flüsse gespült werden. Unzureichend instand gehaltene Mülldeponien sind dafür bekannt, Chemikalien aus medizinischen, hauswirtschaftlichen und industriellen Abfällen abzuleiten, einschließlich Spurenelementen wie Arsen, Kupfer, Quecksilber und Blei. Diese Chemikalien beeinträchtigen Fische, Pflanzen, Tiere und Insektenleben in und um die Flüsse herum negativ. Ein Fluss verlangsamt sich, wo er in einen See mündet oder mit einem anderen Fluss zusammenfließt. Ohne den Vorwärtsdrang verringert sich seine Fähigkeit, Chemikalien und andere Teilchen im Wasser suspendiert zu halten. Sediment entsteht, wenn diese Chemikalien und Teilchen auf den Flussbett sinken.
Eine breite Palette fester Abfälle wird in die Flüsse und Ströme der Welt gekippt. Nicht alle diese Objekte gelangen zur Mündung und werden dort als Sediment abgelagert. Diejenigen, die flussaufwärts bleiben, zerbrechen langsam unter dem unerbittlichen Wasserstrom, und die Bestandteile können an der Mündung des Flusses abgelagert werden. Die Organisation Living Lands and Waters hat eine schwindelerregende Vielzahl von Gegenständen dokumentiert, die ihre Freiwilligen aus Flüssen entfernt haben, darunter Fahrräder, Waschmaschinen, Boote, Ketten, Reifen, Toiletten, Spielzeug, Einkaufswagen, Rasenmäher und Rettungswesten.

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