AutoDock-Atomtypen: Unterstützte Elemente für Molekularmodellierung

AutoDock ist eine Lernplattform, die bekannte Atome und eine Rasterschnittstelle in Kombination mit Bindungsanwendungen verwendet, um die Bindungsrate der meisten kleinen Moleküle vorherzusagen. Dies ermöglicht es Schülern, Molekülbindung virtuell zu studieren, ohne teure Laborzeit und Schulung zu benötigen.

Elemente

AutoDock unterstützt die grundlegenden Elemente: H, C, N, O, F, Mg, P, S, Cl, Ca, Mn, Fe, Zn, Br und I. Diese wurden innerhalb des Programms parametrisiert, sodass es ihre physikalischen Eigenschaften, Attribute und Reaktionen auf andere Elemente erkennt. Diese grundlegenden Elemente können verwendet werden, um ein Molekül zu bilden und mit einer Bindungsanwendung oder einem Lösungsmittel zu testen. Zum Beispiel würde ein Schüler zwei Wasserstoffmoleküle zu einem Sauerstoffmolekül angeben, H2O, und könnte dieses Wassermolekül gegen seine Bindungsrate testen.

Bindung

AutoDock unterstützt eine Vielzahl von Bindungs- oder Docking-Chemikalien und -Elementen, der Name oder das Label des Docking-Elements sollte in die Benutzeroberfläche eingegeben werden, um das richtige Element zu lokalisieren und auszuwählen. AutoDock bietet ein System von Werkzeugen, die entwickelt wurden, um den Bindungsprozess anzuzeigen, zu überwachen und zu beschleunigen. Dazu gehören Röntgenkristallographie; strukturbasiertes Arzneimitteldesign, Lead-Optimierung, virtueller Screening (HTS), kombinatorische Bibliotheksdesign, Protein-Protein-Docking und chemische Mechanismusstudien. Dies ermöglicht es einem Schüler, mit den Elementen zu arbeiten und sie unter verschiedenen Bedingungen zu binden, damit die besten und genauesten Testergebnisse erzielt werden können.

Rasterkarte

AutoDocks Raster oder Rasterkarte wird verwendet, um Elemente mit Bindern zu paaren und abzugleichen; dazu sollte der Schüler den chemischen Namen des Elements im Einzelbuchstabenformat eingeben, um es auf dem Raster zu lokalisieren. Elemente auf dem Raster wurden bereits untersucht und getestet, und ihre Perimeter wurden bereits definiert. Dies ermöglicht es einem Schüler, einfach ein Atom und einen Binder auszuwählen, ohne Details eingeben zu müssen. Die AutoDock-Rasterkarte ermöglicht es einem Schüler daher, mehr über die Eigenschaften und Perimeter des Atoms zu erfahren, während er seine Bindungsrate testet.

Elemente hinzufügen

Sollte ein Schüler ein Element haben, das noch nicht in AutoDocks System eingegeben wurde, kann er es mit AutoDocks vorgefertigter Perimeter-Datei eingeben, mit den genauen detaillierten Informationen zum betreffenden Atom. Dies sollte dann zu AutoDock hochgeladen und kalibriert, neu kalibriert für Genauigkeit, bevor es getestet wird. Es sollte jedoch beachtet werden, dass das Hinzufügen eines Elements ein tiefgehendes Wissen darüber erfordert, wie sich das Element während des Bindungsprozesses verhalten und reagieren wird sowie mit anderen Atomen.