AutoDock Atom Typen

AutoDock ist eine Bildungsplattform , die bekannten Stoffatomen und einem Netz -Schnittstelle verwendet in Kombination mit Klebeanwendungen , die Bindungsrateder meisten kleinen Moleküle vorherzusagen. Dies ermöglicht es den Studierenden studieren praktisch Molekül Bindung ohne teure Laborzeit und Ausbildung erfordern. Elemente

AutoDock unterstützt die grundlegenden Elemente : H, C, N, O, F , Mg, P, S , Cl, Ca, Mn, Fe , Zn, Br und I. Diese wurden parametrisiert innerhalb des Programms , so daß er erkennt ihre physikalischen Eigenschaften , Attribute und Reaktionen mit anderen Elementen . Diese Grundelemente können verwendet werden , um ein Molekül zu bilden, und mit einer Bindungs ​​Anwendung oder Lösungsmittel getestet. Zum Beispiel würde ein Student zwei Wasserstoffmoleküle mit einem Sauerstoffmolekül , H2O geben und wäre in der Lage , diese Wassermolekül gegen seine Bindungsratezu testen.
Binding

AutoDock unterstützt eine Vielzahl von Bindungs-oder Docking Chemikalien und Elemente sollte der Name und Etikett oder der Docking- Element in die Benutzeroberfläche eingegeben werden, zu finden und die richtige Element zu wählen. AutoDock stellt ein System von Tools, die Ansicht zu helfen , zu überwachen und zu beschleunigen den Verbindungsprozess . Dazu gehören Röntgen-Kristallographie , strukturbasierte Wirkstoffdesign , Lead-Optimierung , virtuelle Screening (HTS) , kombinatorische Bibliothek Design, Protein-Protein- Docking-und chemischen Mechanismus Studien. Dies ermöglicht ein Student mit den Elementen zu arbeiten und sie unter einer Vielzahl von Bedingungen zu binden , so dass die besten und genauesten Testergebnisse erzielt werden können.
Gitter Map
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AutoDock der Gitter-oder Rasterkarte wird verwendet, um zu koppeln und Spiel -Elemente mit Bindemitteln , dies zu tun , sollten die Schüler den chemischen Namen des Elements in einzelnen Buchstaben -Format eingeben, um es in der Startaufstellung zu finden. Elemente auf dem Gitter wurden bereits untersucht und getestet, und ihre Umfänge bereits definiert wurden . Dies ermöglicht ein Student wählen Sie einfach ein Atom -und Bindemittel , ohne Details eingeben. Die AutoDock Grid Karte ermöglicht somit ein Student über die Eigenschaften und Perimeter des Atoms zu lernen, während die Prüfung seiner Bindungsrate.
Hinzufügen von Elementen

Sollte ein Schüler ein Element haben , dass ist noch nicht in das System eingegeben AutoDock wurden, können sie es mit bereits bestehenden Umfang Datei AutoDock mit den genauen Informationen über das Atom in Frage eingeben. Dies sollte dann zu AutoDock hochgeladen und kalibriert werden , für Genauigkeit neu kalibriert , bevor sie getestet. Es sollte jedoch beachtet werden, dass das Hinzufügen eines Elements erfordert eine eingehende Kenntnis, wie das Element handeln und während des Verbindungsprozesses zu reagieren sowie mit anderen Atomen werden.