Wie alle Wirbeltiere haben Alligatoren zwei Schilddrüsen, die sich auf beiden Seiten der Luftröhre (Windpipe), knapp unterhalb des Kehlkopfs (Stimmkopf), befinden. Diese Drüsen produzieren Schilddrüsenhormone (Thyroxin/T4 und Trijodthyronin/T3), die Stoffwechsel, Wachstum und Entwicklung regulieren – Funktionen, die über Wirbeltiere hinweg konserviert sind.
Die paarige, seitliche Position ist typisch für Reptilien. Bei Krokodilen sind die Schilddrüsen relativ groß und deutlich ausgeprägt, was ihre Rolle für den langsamen Stoffwechsel des Tieres und die saisonalen Aktivitätsmuster widerspiegelt.
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