DNA-Sequenzen ins FASTA-Format konvertieren: Ein umfassender Leitfaden

Ein gemeinsames Ziel in der medizinischen Forschung umfasst die Identifizierung von Fehlern oder Mutationen in DNA-Sequenzen, die genetisch bedingte Krankheiten verursachen könnten. Technologie und Informatik haben die genetische Forschung auf ein Niveau gebracht, auf dem Tausende von Sequenzdaten gleichzeitig analysiert werden können. Eine Voraussetzung neuerer Software ist die vorherige Konvertierung von Sequenzdaten ins FASTA-Format. FASTA ähnelt einem einfachen Textformat. Es ermöglicht, mehrere Datenstücke in einer einzigen Datei zu kompilieren und beschleunigt die Analyse. Die meisten Instrumente generieren jedoch Sequenzdateien im Textformat. Die Konvertierung von Text ins FASTA-Format ist ein einfacher Prozess mit Texteditor-Software.

Benötigte Utensilien

• Computer
• Texteditor-Programm

Anleitung

1. Öffnen Sie die bezeichnete DNA-Sequenz-Textdatei mit einem Texteditor-Programm. Dies wäre Text Editor für Macintosh und Notepad für Windows-kompatible Systeme. Original-Sequenz-Textdateien könnten eine alternative Erweiterung haben, wie seq für Daten, die auf einem Applied Biosystems automatisierten genetischen Analysator generiert wurden.
2. Beginnen Sie die erste Zeile, indem Sie > gefolgt von einer Sequenzkennung eingeben. Das Größer-als-Zeichen kennzeichnet das FASTA-Format für Programme, die FASTA-Daten analysieren. Es gibt keine spezifischen Regeln bezüglich der Kennung, solange keine Leerzeichen enthalten sind. Ein Beispiel für einen akzeptablen Eintrag für die erste Zeile ist >Cat_Isomerase_Exon3.
3. Drücken Sie die „Return“-Taste, um einen Zeilenumbruch zu erzeugen und die zweite Zeile zu beginnen.
4. Beginnen Sie die Sequenzdaten in Zeile zwei. FASTA-Format-Richtlinien erfordern DNA-Textdaten gemäß den International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) Codes. Jede Zeile ist auf 80 Zeichen beschränkt, die 80 DNA-Basen darstellen, und kann groß- oder kleingeschrieben sein. Ein akzeptabler Eintrag mit gemischten Basen ist AGCTTCGTGG...CVTGCGTTGT.
5. Drücken Sie die „Return“-Taste, um die nächste Zeile der Sequenzdaten zu beginnen. Jede Zeile sollte aus 80 Basen bestehen, die durch den IUPAC-Code dargestellt werden.
6. Speichern Sie die Datei mit der txt-Dateierweiterung oder der entsprechenden FASTA-Dateierweiterung. Programme, die FASTA-formatierte Daten verarbeiten, erfordern oft eine FASTA-spezifische Erweiterung wie fsa, fna, ffn oder frn.