Künstliche Insemination ist, wie in Comhaire und Mamoud (2003) angegeben, mit mehreren gefährlichen Nebenwirkungen verbunden, wie angeborenen Anomalien, beeinträchtigter Entwicklung und Retinoblastom beim Kind. Abgesehen von diesen Problemen erleben einige Paare emotionale Probleme beim Umgang mit dem sozialen Stigma, das mit nicht-köitaler Insemination verbunden ist.
In einer Studie, die die Raten von Geburtsfehlern zwischen auf natürliche Weise gezeugten Kindern und solchen, die auf künstliche Weise gezeugt wurden, analysierte, fand Hansen et al (2002), dass Kinder, die auf letztere Weise gezeugt wurden, einem viel höheren Risiko ausgesetzt waren. Zum Beispiel hatten Babys, die durch künstliche Insemination gezeugt wurden, eine 8,6%ige Chance, einen Geburtsfehler zu haben, verglichen mit 4,2% von auf natürliche Weise gezeugten Babys.
Von den sieben Arten von Defekten, die die Forscher in ihrer Studie präsentierten, erreichten nur zwei eine Signifikanz als häufiger bei Geburten durch künstliche Insemination. Dies waren kardiovaskuläre Defekte bei 1,3% und muskuloskelettale Defekte bei 3,3%. Bei auf natürliche Weise gezeugten Babys lagen diese bei 0,6% bzw. 1,1%. Die Forscher stellten fest, dass einige der wahrscheinlichen Ursachen für die höhere Rate an Defekten auf das fortgeschrittene Alter unfruchtbarer Paare, die zugrunde liegende Ursache der Unfruchtbarkeit und die während des Inseminationsprozesses verordneten Medikamente zurückzuführen sein könnten.
In einer anderen Studie, die mögliche Defekte testete, die mit assistierter Empfängnis verbunden sind, fand Wennerholm et al (2000), dass die Mehrheit der Fälle von Anomalien nicht direkt mit der Praxis der künstlichen Insemination allein korreliert werden konnte. Stattdessen waren diese Fälle mit solchen verbunden, die typischerweise mit Frühgeburtlichkeit und Mehrlingsgeburten in Verbindung stehen, die auf nicht-köitale oder köitale Weise gezeugt wurden. Es muss jedoch berücksichtigt werden, dass sowohl Frühgeburtlichkeit als auch Mehrlingsgeburten bei Fällen assistierter Empfängnis häufiger vorkommen.
In einer Untersuchung, die Kinder untersuchte, die durch In-vitro-Fertilisation gezeugt wurden, hinsichtlich ihrer psychischen Gesundheit nach der Geburt, beobachtete Stromberg et al (2002), dass Fälle von Zerebralparese häufiger bei Fällen von geringem Schwangerschaftsalter, Mehrlingsgeburten und niedrigem Geburtsgewicht als Ergebnis assistierter Empfängnis vorkamen. Bei Einlingsgeburten wurden keine signifikanten Auswirkungen beobachtet.
Ein weiterer Nebeneffekt der künstlichen Insemination ist psychologischer Natur. Die klinische Psychoanalytikerin Annie Reed Henderson (2008) sagt, dass der emotionale Stress, den Paare während assistierter Befruchtungsverfahren erleben, zu ernsthaften Konsequenzen für die Beziehung führen kann. Bei künstlicher Insemination von einem Spender kann nur die weibliche Partnerin eine biologische Verbindung mit dem Kind beanspruchen, was den männlichen Elternteil dazu bringt, zu lernen, wie er psychologisch mit dieser Realität umgehen kann. Henderson stellt fest, dass die Mehrheit des emotionalen Traumas, das durch die manchmal langwierigen und ausgedehnten Befruchtungsverfahren verursacht wird, durch professionelle psychologische Beratung gemildert werden könnte.
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