Zuvor war bekannt, dass menschliche Influenza-A-Viren in drei Gruppen zirkulieren, die als A, B und C bekannt sind. Menschliche Influenza-A-Viren werden basierend auf der Kombination der Proteine Hämagglutinin (H) und Neuraminidase (N) weiter in Subtypen unterteilt. Vor 2009 gehörten saisonale Influenzaviren zu einem von zwei Subtypen:H1N1 oder H3N2.
Das als A(H1N1)pdm09 bezeichnete Pandemievirus von 2009 weist genetisches Material verschiedener Schweinegrippeviren, menschlicher Grippeviren und Vogelgrippeviren auf. Der genaue Ursprung des A(H1N1)pdm09-Virus bleibt unklar, es wird jedoch angenommen, dass es sich um eine genetische Neuordnung zwischen bei Schweinen zirkulierenden Schweinegrippe-A-Viren und saisonalen Influenza-A-Viren beim Menschen handelt.
Konkret enthält das A(H1N1)pdm09-Virus Gene von Schweineinfluenza-A-Viren, eurasischen vogelähnlichen Schweineviren und an den Menschen angepassten Influenza-A-Viren. Die genetische Sequenzierung des H1N1-Virus 2009 lieferte Hinweise auf eine „dreifache Neusortierung“, an der Gensegmente von nordamerikanischen Schweinegrippeviren (H1N2), eurasischen Schweinegrippeviren (H1N1) und Influenzaviren beteiligt sind, die beim Menschen regelmäßig saisonale Epidemien verursachen (H3N2).
Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die Schweinegrippe-Pandemie 2009 durch ein neuartiges Influenza-A-Virus (H1N1) verursacht wurde, das durch genetische Neuordnung verschiedener Stämme von Schweinegrippeviren, Vogelgrippeviren und menschlichen saisonalen Influenzaviren entstanden ist.

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