Mikroskopisch sichtbare Veränderungen in der Struktur einer virusinfizierten Zelle werden als zytopathische Effekte (CPEs) bezeichnet. Einige dieser Veränderungen umfassen Schrumpfung oder Vergrößerung der Zelle, Verschlechterung, Zellfusion und die Bildung kleiner Partikel, die Einschlusskörper genannt werden. Nicht alle Viren verursachen einen CPE in ihrer Wirtszelle, aber wenn sie es tun, kann es ein nützliches Werkzeug bei der Identifizierung oder Diagnose eines Virus in einem Labor sein. Eine dünne, einzelne Zellschicht, genannt Monoschicht, wird mit einem Virusprobenimpfstoff geimpft und auf Veränderungen beobachtet.
Lyse, schnelle zelluläre Zerstörung, die zum Zelltod führt, ist ein zytopathischer Effekt, der häufig bei Enteroviren vorkommt. Echovirus und Coxsackievirus, beide Infektionen, die grippeähnliche Symptome und Ausschlag verursachen, sind Beispiele für Enteroviren, ebenso wie Polio, das jetzt in den USA und den meisten westlichen Ländern durch Impfung ausgerottet ist.
Einschlusskörper, dichte, kompaktierte Massen von viralem Material in Wirtszellen, sind ein zytopathischer Effekt, der viele Arten von Viren kennzeichnet, einschließlich Herpes simplex, Varicella-Zoster (Windpocken), Zytomegalievirus, Reoviren und Adenoviren.
Syncytien, die virusbedingte Fusion mehrerer Zellen zu einer einzigen großen Zelle, ist ein zytopathischer Effekt, der beim menschlichen Immundefizienz-Virus, respiratorischem Synzytialvirus, Masern und Mumps sichtbar ist.

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