Der Cairn Terrier ist anfällig für bestimmte Augenerkrankungen, die seitens der Besitzer frühzeitig erkannt und von Tierärzten spezialisiert behandelt werden müssen. Erkrankungen wie das melanozytäre Glaukom sind spezifisch für diese Rasse, und andere Erkrankungen wie die Linsenluxation können ebenfalls bei diesen Hunden auftreten.
Eine Störung, die hauptsächlich bei der Rasse Cairn Terrier vorkommt, ist die okuläre Melanose. Die Augenerkrankung ist erblich und betrifft beide Augen des Hundes. Sie ist gekennzeichnet durch kleine dunkle Flecken auf den Augen und führt schließlich zur Ansammlung von Flüssigkeit und Druck in den Augen. In einigen Fällen kann ein okuläres Melanom entstehen und sich über das Auge hinaus ausbreiten, obwohl dies als seltenes Ereignis angesehen wird. Wenn der Zustand früh genug erkannt wird, kann die Sehschädigung des Hundes verzögert werden.
Melanozytäres Glaukom, früher pigmentäres Glaukom genannt, ist eine weitere Augenerkrankung, die bei Cairn Terriern auftritt. Es kommt bei anderen Rassen nicht vor, und laut einem Artikel aus dem Canadian Veterinary Journal vom April 2002 mit dem Titel „Melanozytäres Glaukom bei einem Cairn Terrier“ ist die Erkrankung familiär bedingt. Sie tritt bei Hunden zwischen neun und 13 Jahren auf. Im Gegensatz zur okulären Melanose kann sie nur in einem oder in beiden Augen auftreten. Bei dieser Erkrankung entwickeln sich eine abnorme Anzahl von Zellen. Frühsymptome sind dunkle Iris und leichte Schwellung, aber der Zustand schreitet mit dem Wachstum von übermäßigen Zellzahlen fort. Diese ungewöhnlichen Zellen werden Melanozyten genannt. Sie sind rund oder oval und breiten sich in den Regionen des Auges aus, einschließlich Hornhaut und Netzhaut.
Neben den oben genannten Erkrankungen kann eine weitere erbliche Erkrankung bei Cairn Terriern die Linsenluxation sein. Bei diesem Zustand kann die Linse des Auges nicht fokussieren, weil sie aufgrund einer Schwächung der Augenfasern ausrenkt. Schmerzen, Rötung und Tränenfluss sind frühe Anzeichen, und wenn sie unbehandelt bleibt, kann die Linsenluxation in Glaukom (Druck im Auge, der zu Erblindung führen kann) und Uveitis (Schwellung der inneren Schicht des Auges, die Blut zur Netzhaut liefert) übergehen. Trotz der Augenprobleme, die die Rasse Cairn Terrier betreffen können, ist es wichtig zu beachten, dass die Hunde insgesamt eine gesunde Rasse sind. Augenprobleme können frühzeitig erkannt und behandelt werden, indem man die Symptome erkennt und bei Bedarf frühzeitig tierärztliche Hilfe sucht.

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