Fliegen haben sowohl enorme positive als auch negative Auswirkungen auf die menschliche Gesellschaft. Es gibt weltweit mehr als 100.000 bekannte Fliegenarten, und sie werden nur von den Käfer-, Schmetterling- und Bienen-Insektengruppen an Artenzahl übertroffen. Ihre bloße Anwesenheit ist für Menschen oft lästig, aber die wahren Auswirkungen, die sie auf die Menschheit haben, bleiben weitgehend unbemerkt. Einige Fliegen tragen sehr tödliche Krankheiten und befallen Getreide und Fleisch in großer Zahl. Gleichzeitig sind sie auch für einen Großteil der Bestäubung von Pflanzen verantwortlich, die Menschen als wertvoll erachten, und sind eine wichtige Nahrungsquelle für viele Tiere.
Sandfliegen, die in Südamerika, Afrika und Europa vorkommen, sind Überträger eines Mikroorganismus, der für eine Krankheit verantwortlich ist, die menschliche Haut auffrisst, bekannt als Leishmaniose, und für die es keine definitive Behandlung gibt. Andere Parasiten, die Fliegen tragen, können Krankheiten von Schlafkrankheit bis zu Typhus, Cholera und sogar Aussatz verursachen. Die Fliegen selbst sind lediglich Überträger der Parasiten und Krankheiten. Sie nehmen sie von faulendem Essen, Kot und Menschen oder Tieren auf, die bereits infiziert sind. Sie suchen diese Bedingungen als Nahrungsquelle und zum Ablegen ihrer Eier auf.
Gelagerte und rohe Lebensmittel sind ein häufiger Ort für Fliegen, um Eier abzulegen, da die Larven beim Schlüpfen etwas zu essen haben, während sie heranwachsen. Fast jede Art von getrockneten Lebensmitteln, einschließlich Getreide und Müsli, sind ein Ziel für Fliegenbefall, ebenso wie verarbeitete Lebensmittel wie Cracker, Nudeln, Nüsse und getrocknete Früchte. Obwohl Fliegen von rohem Fleisch, verrottendem Essen und Müll angezogen werden, befallen sie auch gepökeltes Fleisch sowie Tierfutter und sogar Vogelfutter. Jede Art von Lebensmittelprodukt kann ein Ziel für Fliegenbefall sein, wenn sie einen Weg dorthin finden. Es ist möglich, dass sie ungeöffnetes Papier oder dünne Pappe und Kunststoffverpackungen durchdringen, um ihre Eier abzulegen.
Viele Fliegenarten haben ein sehr negatives Image in der menschlichen Gesellschaft, während eine leicht übersehene Tatsache ist, dass sie auch ein sehr wichtiger Bestäuber von Blumen, Früchten und Gemüse sind. Jedes fliegende Insekt, das von Blume zu Blume reist, um Pollen zu sammeln, vermehrt Pflanzen. Einige Fliegenarten ernähren sich von Blütenpollen und Nektar, genau wie Bienen. Mindestens 550 Sorten von Blütenpflanzen sind dafür bekannt, regelmäßig allein von einer Fliegenart, der Diptera-Gruppe von Fliegen, bestäubt zu werden. Forschungen haben ergeben, dass Fliegen ein führender Bestäuber von 87 von 115 weltweit führenden Nahrungspflanzen sind.
Viele Singvögel in gemäßigten Klimazonen verlassen sich auf Insektennahrung, die Fliegen umfasst. Der Goldregenpfeifer ist zum Beispiel stark von Tipuliden abhängig; junge Goldregenpfeifer haben eine viel bessere Überlebenschance, wenn Fliegenpopulationen stark sind. Die Fliegenpopulation ist ein wichtiger Teil der Nahrung von Kolibris, Purpurschwalben, Spatzen und so weiter. Die Brutsaison der meisten Vögel ist tatsächlich genau dann, wenn Insekten zu schlüpfen beginnen, sodass Fliegen ein wichtiger Teil der Nahrungskette für Vogelarten im Allgemeinen sind.

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