Das Einzugsgebiet des Savannah River erstreckt sich von den Appalachen bis zum Atlantik, aber das untere Savannah River Basin beginnt im Allendale County in South Carolina. Menschliche Aktivitäten haben die Größe des Einzugsgebiets reduziert und gefährdete oder vom Aussterben bedrohte Arten, die darin leben, bedroht. Eine Bewertung des Natural Resource Conservation Service vom Mai 2010 stellt fest, dass es 38 Pflanzen und 26 Tiere gibt, die entweder als gefährdet oder vom Aussterben bedroht gelistet sind oder als Kandidaten für eine Listung in Frage kommen.
Der Kongress genehmigte Anfang der 1990er Jahre eine Studie des Army Corps of Engineers über das untere Savannah River Basin, um einen Weg zur Wiederherstellung des Einzugsgebiets zu finden. Als Ergebnis gibt es Arten, die sich in der Erholung befinden, darunter der Wanderfalke, der Weißkopfseeadler und der Braunpelikan. Es gibt jedoch andere, die Kandidaten für eine Listung sind, darunter der Rotküstenvogel. Die Ziele der Studie des Army Corps of Engineers waren es, Möglichkeiten zur Wiederherstellung des Laichlebensraums wichtiger Fischereien, zur Wiederherstellung des Flusses in Feuchtgebiete und zur Wiederherstellung der Umweltqualität des gesamten Einzugsgebiets zu finden. Dies sollte ohne Beeinträchtigung der Schifffahrtsfähigkeit des Flusses erreicht werden.
Neben den menschlichen Aktivitäten, die die Größe des unteren Einzugsgebiets des Savannah River reduzieren, gibt es auch Aktivitäten, die die Gegend verschmutzen. Quecksilberwarnungen wurden 2005 für 57 Gewässer in South Carolina herausgegeben. Quecksilber ist eine Gefahr für benachbarte Einzugsgebiete und wird seit Mitte der 1990er Jahre im unteren Becken überwacht. Der gefrostete Flachwaldsalamander, der gefährdet ist, und der Kurzstör, der vom Aussterben bedroht ist, leben beide im unteren Becken. Quecksilber ist auch eine ernsthafte Bedrohung für Meeresschildkröten. Die Karettschildkröte, die Atlantische Ridley-Schildkröte und die Lederschildkröte sind in der unteren Region vom Aussterben bedroht, während die Unechte Karettschildkröte und die Grüne Meeresschildkröte gefährdet sind.
Vögel und Säugetiere im unteren Savannah River Basin werden durch menschliche Aktivitäten, die immer weiter in das Einzugsgebiet vordringen, aus ihren Lebensräumen verdrängt. Arten werden aufgrund invasiver Arten oder Wilderei gefährdet oder vom Aussterben bedroht, aber die Lebensraumdegradation ist das Problem im unteren Savannah Einzugsgebiet. Gefährdete Vogelarten im unteren Becken sind Kirtlands Waldsänger, der Rotkauz und der Holzstorch. Der Rotwolf und der Westindische Seekuh sind ebenfalls vom Aussterben bedroht. Der Regenpfeifer ist als gefährdet gelistet.
Arten von Fischen und Wildtieren im unteren Savannah River Basin sind auf Pflanzenarten angewiesen, um ihren Lebensraum zu vervollständigen. Achtundachtzig Prozent des Landes in der unteren Region sind zu nass, um leicht als Ackerland genutzt zu werden. Trotz dieser Tatsache gibt es Pflanzenarten, die vom Aussterben bedroht sind: Amerikanischer Färberdistel, Canbys Wasserschierling, Teichbeere und glatter Sonnenhut.

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