Viele Vogelarten flocken und ruhen zusammen, was zu einer großen Menge an Vogelkot in einem kleinen Bereich führt. Dies ist am häufigsten bei Tauben, Staren und Hühnern. Bedenken hinsichtlich der Sicherheit einer solchen Menge an Abfall sind verständlich. Allerdings muss, während eine hohe Konzentration von Kot Krankheiten fördern kann, bestimmte Bedingungen vorliegen, bevor Gefahr besteht.
Die Centers for Disease Control berichten, dass frischer Kot in der Regel nicht giftig ist. Es ist die Ansammlung von Kot unter einem Schlafplatz, die eine Umgebung für das Wachstum toxischer Pilzerkrankungen bietet. Die Konzentration muss recht groß sein und hat sich normalerweise über einen Zeitraum von Jahren angesammelt. Die Pilzsporen müssen luftgetragen werden, um von Menschen eingeatmet zu werden, und dies geschieht im Allgemeinen nur, wenn der Kot gestört wird. Dies macht die Beseitigung großer Mengen an Kot zu einem wahrscheinlichen Zeitpunkt für eine Exposition.
Histoplasmose ist eine Pilzerkrankung, und die Sporen des Pilzes müssen eingeatmet werden, um eine Exposition zu verursachen. Die Infektion ist im Allgemeinen mild mit gelegentlichen grippeähnlichen Symptomen. Extreme Fälle können hohes Fieber, Lungenentzündung und Tod verursachen. Es gibt auch einen Stamm der Histoplasmose, der die Augen betrifft. Die Sporen können, einmal luftgetragen, weite Strecken mit dem Wind zurücklegen. Sporen werden normalerweise durch Reinigung, Ausgrabung oder Bauarbeiten aufgewirbelt. Große Ausbrüche von Histoplasmose sind selten berichtet worden.
Kryptokokkose ist eine weitere Pilzinfektion, die in Vogelkot wächst – besonders in dem von Tauben und Hühnern. Wie bei der Histoplasmose muss Kryptokokkose eingeatmet werden, um eine Infektion zu verursachen. Allerdings wurden weit verbreitete Infektionen von einem einzelnen Standort nicht berichtet. Die Symptome sind typischerweise mild, obwohl sie für Menschen mit geschwächtem Immunsystem ernst sein können. Es verursacht Lungeninfektionen, die sich ausbreiten und tödlich sein können, wenn sie nicht behandelt werden. Es gibt auch einen selteneren Stamm, der die Haut betrifft.
Zwei weitere viel seltener vorkommende Krankheiten sind Psittacose und Toxoplasmose. Psittacose ist ein Bakterium, das im Kot einiger Vögel vorkommt. Das Bakterium kann auf Menschen übertragen werden und verursacht Fieber, Husten, Gelenkschmerzen und Kopfschmerzen. Toxoplasmose, ein Parasit, kann gelegentlich in Vogelkot vorkommen. Die Exposition ist auf unsachgemäße Handhabung von Abfällen zurückzuführen, und die Entwicklungszeit beträgt ein bis zwei Wochen. Symptome umfassen vergrößerte Lymphknoten, Fieber, Kopfschmerzen und Muskelschmerzen oder Gelenkschmerzen.

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