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Obwohl die magnetische Extraktion nicht immer die richtige Methode für Ihre Situation ist, hat sie mehrere deutliche Vorteile, die sie situationsbedingt als Extraktionsmethode gegenüber älteren Methoden wie der Phenolextraktion effektiv machen, die nach jeder chemischen Anwendung eine wiederholte Zentrifugenverarbeitung und viel mehr investierte Zeit erfordert. Die magnetische Extraktion ist schneller, weil sie auf das Binden spezifischer funktioneller Gruppen an der Oberfläche beschichteter magnetischer Perlen beruht und durch Verwendung eines einfachen Magneten getrennt werden kann (der optional mit einer Zentrifuge kombiniert werden kann).
Spezifische Sätze von Magnetperlen werden häufig zur Extraktion von DNA verwendet. Da jedes System, das einen mechanischen Prozessor zur Arbeitsersparnis umfasst, mit seiner eigenen Marke geliefert wird, sollten Sie nur Perlen verwenden, die für ein bestimmtes System entwickelt wurden. Perlengröße und Beschichtungen können die Ergebnisse verändern, wenn sie in verschiedenen Geräten verwendet werden, was die Glaubwürdigkeit Ihrer Forschung beeinträchtigt. Sogar speziell angefertigte Alternativen können die experimentelle Fehlerquote erhöhen und sollten bei der Berichterstattung über Ergebnisse offengelegt werden, wenn der Extraktor nicht für die Zusammenarbeit mit Ihren spezifischen Perlen ausgelegt ist.
Systeme, die verschiedene Perlen verwenden, können die Ergebnisse beeinflussen. Henderson et al. kamen zu dem Schluss, dass von den neun getesteten Perlenarten Dynabeads® DNA DIRECT™ von Invitrogen™ nur DNA aufnehmen kann, die eine geometrisch verdrehte Strangung aufweist. Das bedeutet, dass die magnetisierten Perlen nur die größeren DNA-Stücke behielten. Weiterhin wurde angegeben, dass die DNA frei schwebend (in einer Lösung) sein musste. Diese Bedingte schließt auch die Verwendung unter bestimmten Umständen aus. Dies bedeutet jedoch auch, dass dieses Produkt eine gute Möglichkeit ist, die hochmolekulare DNA (die großen Stücke) von der niedrigmolekularen DNA („degradiert“, kleine oder gebrochene Stücke) zu trennen. Das Fazit ist, dass es immer an den Forschern liegt, festzustellen, wie sie die Eigenschaften dieser Produkte am besten nutzen.
Diese neue Methode kann die Dinge komplizierter (logistisch) machen, aber die Mehrheit der Studien mit der Methode der magnetischen Extraktion verwendet immer noch Phenol als Kontrolle und Vergleich, zeigt jedoch typischerweise eine Verbesserung der Geschwindigkeit und Genauigkeit durch die Reduzierung des experimentellen Fehlers durch Automatisierung. Darüber hinaus eignet sich der magnetische Ansatz für eine reversible Immobilisierung durch diese automatisierte Mittel, was die Wirksamkeit von Forschungsmitteln verbessern kann, indem die DNA-Ausbeute pro Durchgang erhöht wird.
Magnetperlen gibt es in einer Vielzahl von Typen, wo sie mit Antikörpern beschichtet sein können, die speziell für einen Protein-Typ entwickelt wurden, oder sie können allgemeiner mit Beschichtungen oder Aminen, Carboxyls oder anderen geeigneten Gruppen sein. Sobald die chemische Beschichtung auf dem Magneten die betreffende Chemikalie gebunden hat, können die perlengebundenen Chemikalien dann schnell mittels eines einfachen Magneten entfernt werden.
Die Größe beeinflusst Eigenschaften wie die Zeit, die für das Binden zugelassen werden sollte, aufgrund der Oberfläche, die bei kleineren Perlen zunimmt. Ein weiterer Vorteil der kleineren Perle ist, dass sie eine bessere Suspension ergibt, da die Partikel feiner sind und leichter dispergiert werden können. Mikrogröße-Perlen sind viel größer (manchmal bis zu 15.000 Mal größer) als ihre nano-großen Kollegen (die viel mehr kosten).
Der Nachteil dieses Prozesses ist, dass beträchtliche Kosten für die Nano-Perlen anfallen, da 5 mL in Geschäften über 400 US-Dollar kosten können. Mikro-große Perlen können erheblich günstiger sein, bei etwa einem Drittel der Kosten, obwohl dies die Arbeit langsamer voranschreiten lässt.
Magnetabscheider sind erhältlich, die die Zentrifugenröhrchen halten und eine Massenabtrennung in vielen vollen Zentrifugenröhrchen auf einmal ermöglichen. Einige dieser halten Massenkapazitäten von bis zu 24 oder mehr Zentrifugenröhrchen mit Material auf einmal, während andere nur zwei auf einmal halten. Der Magnet ist typischerweise zentral in den Mehrrohr-Versionen platziert und befindet sich entweder unter oder unterhalb der Röhrchen. Das Einsetzen dieser Röhrchen in eine Zentrifuge ergibt aufgrund der hohen Dichte der Perlen Sinn, die den magnetischen Trennprozess unterstützen kann. Weitere Informationen sind im Internet oder über Ihren lokalen Lieferanten erhältlich.
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