Da Glucosamin aus Schalentieren hergestellt wird, sollten Personen mit einer Schalentier- oder Jodallergie vorsichtig sein. Allergische Reaktionen können eine Schwellung des Rachens umfassen.
Die Auswirkungen auf den Blutzuckerspiegel sind nicht klar. Diabetiker sollten den Blutzuckerspiegel sorgfältig überwachen. Magenbedingte Nebenwirkungen umfassen Gas, Magenverstimmung, Bauchschmerzen, Übelkeit, Erbrechen und Verstopfung.
Mögliche Nebenwirkungen sind Schlafstörungen, Kopfschmerzen und Hautreaktionen. Glucosamin könnte theoretisch das Blutungsrisiko bei Personen erhöhen, die Blutverdünner einnehmen. Nierenschäden und Leberversagen wurden in Einzelfällen berichtet.

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